Studier i Paris
Thomas höll envist mot sin familj trots ett års fångenskap. Han befriades slutligen och hösten 1245 åkte han till Paris till klostret Saint-Jacques, Dominikanernas stora universitetscentrum; där studerade han under St. Albertus Magnus, en enorm forskare med ett brett spektrum av intellektuella intressen.
Fly från den feodala världen, snabbt engagemang för University of Paris och religiös kallelse till en av de nya mendicantordningarna betydde mycket i en värld där tro på den traditionella institutionella och konceptuella strukturen attackerades. Mötet mellan evangeliet och hans tids kultur bildade nervcentret för Thomas position och styrde dess utveckling. Normalt presenteras hans arbete som integrationen i den kristna tanken av den nyligen upptäckta aristoteliska filosofin, i konkurrens med integrationen av platoniskt tänkande utförd av kyrkans fäder under de första 12 århundradena av den kristna eran. Denna uppfattning är i huvudsak korrekt; mer radikalt bör det dock också påstås att Thomas arbete åstadkom en evangelisk uppvaknande av behovet av en kulturell och andlig förnyelse inte bara i enskilda människors liv utan också i hela kyrkan. Thomas måste förstås i sitt sammanhang som en mendicant religiös, påverkad både av evangelisationen av St. Francis of Assisi, grundare av den franciskanska ordningen, och av hängivenheten för stipendium av St. Dominic, grundare av den Dominikanska ordningen.
När Thomas Aquinas anlände till universitetet i Paris väckte tillströmningen av arabisk-aristotelisk vetenskap en skarp reaktion bland de troende och flera gånger försökte kyrkans myndigheter att blockera naturalismen och rationalism som härrörde från denna filosofi och enligt många kyrkor förförde de yngre generationerna. Thomas fruktade inte dessa nya idéer, men liksom sin mästare Albertus Magnus (och Roger Bacon, som också föreläste i Paris), studerade han Aristoteles verk och föreläste så småningom offentligt om dem.
För första gången i historien konfronterades kristna troende och teologer med de stränga kraven från vetenskaplig rationalism. Samtidigt krävde den tekniska utvecklingen män att flytta från ett jordbrukssamhällets rudimentära ekonomi till ett stadssamhälle med produktion organiserad i handelsgillor, med marknadsekonomi och med en djup gemenskapskänsla. Nya generationer av män och kvinnor, inklusive präster, reagerade mot den traditionella uppfattningen om förakt för världen och strävade efter behärskning över naturens krafter genom att använda deras förnuft. Strukturen i Aristoteles filosofi betonade intelligensen. Tekniken i sig blev ett medel för tillgång till sanningen; mekanisk konst var krafter för att humanisera kosmos. Således lämnades tvisten om verkligheten hos universaler – dvs. frågan om förhållandet mellan allmänna ord som ”rött” och uppgifter som ”detta röda objekt” – som hade dominerat tidig skolastisk filosofi, och en sammanhängande metafysik kunskap och om världen utvecklades.
Under sommaren 1248 lämnade Aquinas Paris med Albertus, som skulle ta ledningen för den nya fakulteten som Dominikanerna inrättade vid klostret i Köln. Han stannade där till 1252, då han återvände till Paris för att förbereda sig för examen som magister i teologi. Efter att ha tagit sin kandidatexamen fick han licentia docendi (”licens att undervisa”) i början av 1256 och strax därefter avslutade han den utbildning som behövdes för titeln och privilegierna som mästare. 1256 Således började han undervisa teologi i ett av de två dominikanska skolorna som ingår i universitetet i Paris.