Den 5 juni 1964 arresterades Khomeini och skickades i exil. Han förvisades till Irak, Turkiet och sedan till Frankrike. Khomeini höll många tal i Frankrike mot Mohammad Reza Pahlavi, den sista shahen i Iran. Den 16 januari 1979 lämnade Pahlavi Iran. Två veckor senare, den 1 februari, återvände Khomeini till Iran.
Han fick en traditionell religiös utbildning i Qom (stad i Iran). När han bodde i Najaf (en helig stad i Irak) i några år talade han om islamidéer om regeringen. Under den tiden förfinade han sin teori om velayat-e faqih (”juristens regering”).
Den 11 februari 1979 utsåg Khomeini sin första egen premiärminister, Medhi Bazargan. Den 30 mars 1979 ägde en folkomröstning rum i Iran och som ett resultat ersattes monarkin med en islamisk republik. Efter den islamiska revolutionen blev Khomeini Irans högsta ledare.
Rushdie fatwaRedigera
I början av 1989 utfärdade Khomeini en fatwā som uppmanade muslimer att döda Salman Rushdie och ”alla som var inblandade i publikationen ”i hans bok som heter The Satanic Verses. Rushdie har aldrig dödats. Men den japanska översättaren av boken knivhuggits till döds 1991.