Em 5 de junho de 1964, Khomeini foi preso e enviado ao exílio. Ele foi exilado para o Iraque, Turquia e depois para a França. Khomeini fez muitos discursos na França contra Mohammad Reza Pahlavi, o último Xá do Irã. Em 16 de janeiro de 1979, Pahlavi deixou o Irã. Duas semanas depois, em 1º de fevereiro, Khomeini retornou ao Irã.
Ele recebeu uma educação religiosa tradicional em Qom (cidade no Irã). Quando ele morou em Najaf (uma cidade sagrada no Iraque) por alguns anos, ele falou sobre as idéias do Islã sobre o governo. Durante esse tempo, ele refinou sua teoria de velayat-e faqih (“governo do jurista”).
Em 11 de fevereiro de 1979, Khomeini nomeou seu primeiro primeiro-ministro, Medhi Bazargan. Em 30 de março de 1979, um referendo ocorreu no Irã e, como resultado, a monarquia foi substituída por uma República Islâmica. Após a Revolução Islâmica, Khomeini se tornou o líder supremo do Irã.
Rushdie fatwaEdit
No início de 1989, Khomeini emitiu uma fatwā pedindo aos muçulmanos que matassem Salman Rushdie e “todos os envolvidos na publicação “de seu livro chamado The Satanic Verses. Rushdie nunca foi morto. No entanto, o tradutor japonês do livro foi morto a facadas em 1991.