Le 5 juin 1964, Khomeiny a été arrêté et envoyé en exil. Il a été exilé en Irak, en Turquie puis en France. Khomeiny a prononcé de nombreux discours en France contre Mohammad Reza Pahlavi, le dernier Shah dIran. Le 16 janvier 1979, Pahlavi a quitté lIran. Deux semaines plus tard, le 1er février, Khomeiny est retourné en Iran.
Il a reçu une éducation religieuse traditionnelle à Qom (ville dIran). Lorsquil a vécu à Najaf (une ville sainte dIrak) pendant quelques années, il a parlé des idées de lislam sur le gouvernement. Pendant ce temps, il a affiné sa théorie du velayat-e faqih («gouvernement du juriste»).
Le 11 février 1979, Khomeiny a nommé son premier Premier ministre, Medhi Bazargan. Le 30 mars 1979, un référendum a eu lieu en Iran et en conséquence, la monarchie a été remplacée par une République islamique. Après la révolution islamique, Khomeiny est devenu le guide suprême de lIran.
Rushdie fatwaEdit
Au début de 1989, Khomeiny a publié une fatwā appelant les musulmans à tuer Salman Rushdie et «tous ceux impliqués dans la publication »de son livre intitulé The Satanic Verses. Rushdie na jamais été tué. Cependant, le traducteur japonais du livre a été poignardé à mort en 1991.