Op 5 juni 1964 werd Khomeini gearresteerd en in ballingschap gestuurd. Hij werd verbannen naar Irak, Turkije en vervolgens naar Frankrijk. Khomeini hield in Frankrijk veel toespraken tegen Mohammad Reza Pahlavi, de laatste sjah van Iran. Op 16 januari 1979 verliet Pahlavi Iran. Twee weken later, op 1 februari, keerde Khomeini terug naar Iran.
Hij ontving traditioneel religieus onderwijs in Qom (stad in Iran). Toen hij enige jaren in Najaf (een heilige stad in Irak) woonde, sprak hij over islamitische ideeën over de regering. Gedurende die tijd verfijnde hij zijn theorie van velayat-e faqih (“regering van de jurist”).
Op 11 februari 1979 benoemde Khomeini zijn eerste eigen premier, Medhi Bazargan. Op 30 maart 1979 vond in Iran een referendum plaats en als gevolg daarvan werd de monarchie vervangen door een Islamitische Republiek. Na de islamitische revolutie werd Khomeini de hoogste leider van Iran.
Rushdie fatwaEdit
Begin 1989 vaardigde Khomeini een fatwa uit waarin moslims werden opgeroepen om Salman Rushdie te vermoorden en “alle betrokkenen bij de publicatie “van zijn boek genaamd The Satanic Verses. Rushdie is nooit vermoord. De Japanse vertaler van het boek werd echter in 1991 doodgestoken.