Studii la Paris
Thomas a rezistat cu încăpățânare împotriva familiei sale, în ciuda unui an de captivitate. În cele din urmă a fost eliberat și în toamna anului 1245 a plecat la Paris la mănăstirea Saint-Jacques, marele centru universitar al dominicanilor; acolo a studiat sub Sf. Albertus Magnus, un învățat extraordinar cu o gamă largă de interese intelectuale.
Evadare din lumea feudală, angajament rapid pentru Universitatea din Paris și vocația religioasă pentru unul dintre noile ordine mendicante au însemnat foarte mult într-o lume în care credința în structura instituțională și conceptuală tradițională era atacată. Întâlnirea dintre evanghelie și cultura din timpul său a format centrul nervos al poziției lui Thomas și a dirijat dezvoltarea acesteia. În mod normal, opera sa este prezentată ca integrarea în gândirea creștină a filozofiei aristotelice recent descoperite, în competiție cu integrarea gândirii platonice efectuată de Părinții Bisericii în primele 12 secole ale erei creștine. Această viziune este în esență corectă; mai radical, totuși, ar trebui de asemenea afirmat că opera lui Toma a realizat o trezire evanghelică la nevoia unei reînnoiri culturale și spirituale nu numai în viața oamenilor individuali, ci și în întreaga biserică. Toma trebuie înțeles în contextul său ca un religios mendicant, influențat atât de evanghelizarea Sfântului Francisc de Assisi, fondatorul ordinului franciscan, cât și de devotamentul față de învățătura Sfântului Dominic, fondatorul ordinului dominican.
Când Thomas Aquinas a ajuns la Universitatea din Paris, afluxul de știință arabo-aristotelică a stârnit o reacție puternică în rândul credincioșilor și, de mai multe ori, autoritățile bisericești au încercat să blocheze naturalismul și raționalismul care emana din această filozofie și, potrivit multor ecleziastici, seducând generațiile mai tinere. Toma nu s-a temut de aceste idei noi, dar, la fel ca maestrul său Albertus Magnus (și Roger Bacon, ținând și conferințe la Paris), a studiat operele lui Aristotel și, în cele din urmă, a ținut public despre ele.
Pentru prima dată în istorie, credincioșii și teologii creștini s-au confruntat cu cerințele riguroase ale raționalismului științific. În același timp, progresul tehnic impunea oamenilor să treacă de la economia rudimentară a unei societăți agrare la o societate urbană cu producție organizată în bresle comerciale, cu o economie de piață și cu un sentiment profund de comunitate. Noile generații de bărbați și femei, inclusiv clerici, reacționau împotriva noțiunii tradiționale de dispreț față de lume și se străduiau să stăpânească asupra forțelor naturii prin utilizarea rațiunii lor. Structura filozofiei lui Aristotel a subliniat primatul inteligenței. Tehnologia în sine a devenit un mijloc de acces la adevăr; artele mecanice erau puteri pentru umanizarea cosmosului. Astfel, disputa asupra realității universale – adică întrebarea despre relația dintre cuvintele generale precum „roșu” și detalii precum „acest obiect roșu” – care dominase filosofia scolastică timpurie, a rămas în urmă și o metafizică coerentă a cunoștințelor și a lumii.
În vara anului 1248, Aquinas a părăsit Parisul cu Albertus, care urma să preia direcția noii facultăți înființate de dominicani la mănăstirea din Köln. A rămas acolo până în 1252, când s-a întors la Paris pentru a se pregăti pentru gradul de master de teologie. După absolvirea diplomei de licență, a primit licența docendi („licența de predare”) la începutul anului 1256 și, la scurt timp după aceea, a terminat pregătirea necesară pentru titlul și privilegiile de masterat. Astfel, în anul 1256 a început să predea teologia într-un singur dintre cele două școli dominicane încorporate în Universitatea din Paris.