La 5 iunie 1964, Khomeini a fost arestat și trimis în exil. A fost exilat în Irak, Turcia și apoi în Franța. Khomeini a ținut multe discursuri în Franța împotriva lui Mohammad Reza Pahlavi, ultimul șah al Iranului. La 16 ianuarie 1979, Pahlavi a părăsit Iranul. Două săptămâni mai târziu, pe 1 februarie, Khomeini s-a întors în Iran.
A primit o educație religioasă tradițională în Qom (oraș din Iran). Când a locuit câțiva ani în Najaf (un oraș sfânt din Irak), a vorbit despre ideile Islamului despre Guvern. În acea perioadă, și-a perfecționat teoria velayat-e faqih („guvernul juristului”).
La 11 februarie 1979, Khomeini l-a numit pe primul său prim-ministru, Medhi Bazargan. La 30 martie 1979 a avut loc un referendum în Iran și, ca urmare, monarhia a fost înlocuită cu o republică islamică. După Revoluția Islamică, Khomeini a devenit liderul suprem al Iranului.
Rushdie fatwaEdit
La începutul anului 1989 Khomeini a lansat un fatwā prin care solicita musulmanilor să-l omoare pe Salman Rushdie și „pe toți cei implicați în publicație „din cartea sa numită Versetele satanice. Rushdie nu a fost niciodată ucis. Cu toate acestea, traducătorul japonez al cărții a fost înjunghiat în moarte în 1991.