5 czerwca 1964 roku Chomeini został aresztowany i zesłany na wygnanie. Został zesłany do Iraku, Turcji, a następnie do Francji. Chomeini wygłosił wiele przemówień we Francji przeciwko Mohammadowi Rezie Pahlavi, ostatniemu szachowi Iranu. 16 stycznia 1979 Pahlavi opuścił Iran. Dwa tygodnie później, 1 lutego, Chomeini wrócił do Iranu.
Otrzymał tradycyjne wykształcenie religijne w Kom (miasto w Iranie). Kiedy przez kilka lat mieszkał w Nadżaf (świętym mieście w Iraku), mówił o islamskich poglądach na temat rządu. W tym czasie udoskonalił swoją teorię velayat-e faqih („rząd prawnika”).
11 lutego 1979 roku Chomeini mianował swojego pierwszego premiera, Medhi Bazargana. 30 marca 1979 r. W Iranie odbyło się referendum, w wyniku którego monarchia została zastąpiona Republiką Islamską. Po rewolucji islamskiej Chomeini został najwyższym przywódcą Iranu.
Rushdie fatwaEdit
Na początku 1989 roku Chomeini wydał fatwę wzywającą muzułmanów do zabicia Salmana Rushdiego i „wszystkich zaangażowanych w publikację w swojej książce The Satanic Verses. Rushdie nigdy nie został zabity. Jednak japoński tłumacz tej książki został zadźgany na śmierć w 1991 roku.