Studier i Paris
Thomas holdt hardnakket ut mot familien til tross for et års fangenskap. Han ble endelig frigjort og dro høsten 1245 til Paris til klosteret Saint-Jacques, Dominikanernes store universitetssenter; der studerte han under St. Albertus Magnus, en enorm lærd med et bredt spekter av intellektuelle interesser.
Unnslippe fra den føydale verden, raskt engasjement for Universitetet i Paris og religiøst kall til en av de nye ordenene betød alt mye i en verden der troen på den tradisjonelle institusjonelle og konseptuelle strukturen ble angrepet. Møtet mellom evangeliet og kulturen i sin tid dannet nervesenteret til Thomas stilling og styrte dens utvikling. Normalt blir hans arbeid presentert som integrasjonen i den kristne tanken til den nylig oppdagede aristoteliske filosofien, i konkurranse med integrasjonen av platonisk tanke som ble utført av Kirkens fedre i løpet av de første 12 århundrene av den kristne tiden. Dette synet er i det vesentlige riktig; mer radikalt bør det imidlertid også hevdes at Thomas arbeid utrettet en evangelisk oppvåkning av behovet for en kulturell og åndelig fornyelse ikke bare i de enkelte menneskers liv, men også i hele kirken. Thomas må forstås i sin sammenheng som en mendicant religiøs, påvirket både av evangeliseringen av St. Francis of Assisi, grunnlegger av den franciskanske ordenen, og av hengivenhet for stipend av St. Dominic, grunnlegger av den Dominikanske ordenen.
Da Thomas Aquinas ankom Universitetet i Paris, tilstrømmingen av arabisk-aristotelisk vitenskap vakte en skarp reaksjon blant troende, og flere ganger prøvde kirkemyndighetene å blokkere naturalismen og rasjonalisme som stammer fra denne filosofien og forfører, ifølge mange kirkelige, de yngre generasjonene. Thomas fryktet ikke disse nye ideene, men i likhet med sin mester Albertus Magnus (og Roger Bacon, som også foreleste i Paris), studerte han verkene til Aristoteles og foreleste til slutt offentlig om dem.
For første gang i historien ble kristne troende og teologer konfrontert med de strenge kravene til vitenskapelig rasjonalisme. På samme tid krevde den tekniske fremgangen menn å bevege seg fra den agrariske samfunnets rudimentære økonomi til et urbant samfunn med produksjon organisert i handelsgilder, med markedsøkonomi og med en dyp følelse av fellesskap. Nye generasjoner av menn og kvinner, inkludert geistlige, reagerte mot den tradisjonelle forestillingen om forakt for verden og prøvde å mestre naturkreftene ved å bruke deres fornuft. Strukturen i Aristoteles filosofi la vekt på intelligensen. Selve teknologien ble et middel for tilgang til sannhet; mekanisk kunst var krefter for å humanisere kosmos. Således ble tvisten om realiteten til universelle – dvs. spørsmålet om forholdet mellom generelle ord som «rødt» og opplysninger som «dette røde objektet» – som hadde dominert tidlig skolastisk filosofi, etterlatt seg, og en sammenhengende metafysikk av kunnskap og om verden ble utviklet.
I løpet av sommeren 1248 forlot Aquinas Paris med Albertus, som skulle anta retning av det nye fakultetet som ble opprettet av dominikanerne ved klosteret i Köln. Han ble der til 1252, da han vendte tilbake til Paris for å forberede seg på graden master i teologi. Etter å ha tatt bachelorgraden, mottok han licentia docendi («lisens til å undervise») i begynnelsen av 1256, og like etterpå fullførte han opplæringen som var nødvendig for tittelen og privilegiene til mester. Dermed begynte han i år 1256 å undervise i teologi i ett av de to dominikanske skolene som er innlemmet ved University of Paris.