5. juni 1964 ble Khomeini arrestert og sendt i eksil. Han ble forvist til Irak, Tyrkia og deretter til Frankrike. Khomeini holdt mange taler i Frankrike mot Mohammad Reza Pahlavi, den siste shahen i Iran. 16. januar 1979 forlot Pahlavi Iran. To uker senere, 1. februar, kom Khomeini tilbake til Iran.
Han mottok en tradisjonell religiøs utdannelse i Qom (by i Iran). Da han bodde i Najaf (en hellig by i Irak) i noen år, snakket han om islamideer om regjeringen. I løpet av den tiden foredlet han teorien om velayat-e faqih («juristens regjering»).
11. februar 1979 utnevnte Khomeini sin første egen statsminister, Medhi Bazargan. 30. mars 1979 fant en folkeavstemning sted i Iran, og som et resultat ble monarkiet erstattet med en islamsk republikk. Etter den islamske revolusjonen ble Khomeini øverste leder for Iran.
Rushdie fatwaRediger
I begynnelsen av 1989 utstedte Khomeini en fatwā som ba muslimer drepe Salman Rushdie og «alle de som var involvert i publikasjonen. «av hans bok kalt The Satanic Verses. Rushdie har aldri blitt drept. Imidlertid ble den japanske oversetteren av boken knivstukket i hjel i 1991.