Párizsi tanulmányok
Thomas makacsul kitartott családja ellen egy év fogsága ellenére. Végül felszabadult, és 1245 őszén Párizsba ment a Saint-Jacques kolostorba, a domonkosok nagy egyetemi központjába; ott tanult St. Albertus Magnus, hatalmas intellektuális érdeklődésű tudós irányítása alatt.
Menekülés a feudális világ elől, gyors elkötelezettség a A Párizsi Egyetem és az egyik új mendikáns rend iránti vallási elhivatottság mind sokat jelentett egy olyan világban, ahol a hagyományos intézményi és fogalmi struktúrába vetett hitet támadták. Az evangélium és korának kultúrája találkozása képezte Thomas helyzetének idegközpontját és irányította annak fejlődését. Általában munkáját a nemrégiben felfedezett arisztotelészi filozófia keresztény gondolkodásba való integrációjaként mutatják be, versengve a plátói gondolkodás integrációjával, amelyet az egyházatyák a keresztény korszak első 12 évszázada során hajtottak végre. Ez a nézet lényegében helyes; radikálisabban azonban azt is ki kell állítani, hogy Tamás munkája evangélikusan ébredt fel a kulturális és szellemi megújulás szükségességére nemcsak az egyes emberek életében, hanem az egész egyházban. Tamást összefüggésében úgy kell értelmezni, mint egy mendik vallást, akit befolyásol mind a ferences rend alapítója, Assisi Szent Ferenc evangelizációja, mind a dominikai rendet alapító Szent Domonkos tudomány iránti elkötelezettsége.
Amikor Aquinói Tamás megérkezett a párizsi egyetemre, az arab-arisztotelészi tudomány beáramlása éles reakciót váltott ki a hívők körében, és az egyházi hatóságok többször megpróbálták megakadályozni a naturalizmust és racionalizmus, amely ebből a filozófiából fakadt, és sok egyházi vélemény szerint elcsábította a fiatalabb generációkat. Thomas nem féltette ezeket az új ötleteket, de, akárcsak mestere, Albertus Magnus (és Roger Bacon, aki szintén Párizsban tartott előadást), Arisztotelész műveit tanulmányozta, és végül nyilvánosan is előadást adott róluk.
Először a történelem során a keresztény hívők és teológusok szembesültek a tudományos racionalizmus szigorú követelményeivel. Ugyanakkor a technikai fejlődés megkövetelte a férfiaktól, hogy az agrártársadalom kezdetleges gazdaságából a városi társadalomba váltsanak, ahol a kereskedelmi céhekben szervezett termelés, piacgazdaság és mély közösségi érzés mutatkozik. A férfiak és a nők új generációi, köztük a klerikusok, reagáltak a világ megvetésének hagyományos elképzelésére, és észeik felhasználásával arra törekedtek, hogy elsajátítsák a természeti erőket. Arisztotelész filozófiájának felépítése az intelligencia elsőbbségét hangsúlyozta. Maga a technológia az igazsághoz való hozzáférés eszközévé vált; a mechanikus művészetek a kozmosz humanizálásának képességei voltak. Így az egyetemesek valósága körüli vita – azaz az olyan általános szavak, mint a “vörös” és az olyan részletek kapcsolatának kérdése, mint “ez a vörös tárgy” – amelyek a korai skolasztikus filozófiában uralkodtak, elmaradt, és összefüggő metafizika a tudás és a világ fejlesztése folyamatban volt.
1248 nyarán Aquinói Albertusszal távoztak Párizsból, akinek át kellett vennie a domonkosok által a kölni kolostorban létrehozott új kar irányítását. 1252-ig maradt ott, amikor visszatért Párizsba, hogy felkészüljön a teológiai mester fokozatára. Az alapképzés megszerzése után 1256 elején megkapta a licentia docendi-t (“tanítási engedély”), és röviddel ezután befejezte a mester címéhez és kiváltságaihoz szükséges képzést, így 1256-ban kezdte tanítani a teológiát a párizsi egyetemre beiktatott két domonkos iskola közül.