1964. június 5-én Khomeinit letartóztatták és száműzetésbe küldték. Irakba, Törökországba, majd Franciaországba száműzték. Khomeini sok beszédet tartott Franciaországban Mohammad Reza Pahlavi, Irán utolsó sahja ellen. 1979. január 16-án Pahlavi elhagyta Iránt. Két héttel később, február 1-jén Khomeini visszatért Iránba.
Hagyományos vallási oktatást kapott Qomban (Irán városában). Amikor néhány évig Najafban (Irak szent városában) élt, az iszlám elképzeléseiről beszélt a kormányról. Ez idő alatt finomította a velayat-e faqih (“a jogász kormánya”) elméletét.
1979. február 11-én Khomeini kinevezte első saját miniszterelnökét, Medhi Bazargan-t. 1979. március 30-án népszavazásra került sor Iránban, és ennek eredményeként a monarchiát lecserélték az Iszlám Köztársaságra. Az iszlám forradalom után Khomeini Irán legfelsõbb vezetõjévé vált.
Rushdie fatwaEdit
1989 elején Khomeini kiadott egy fatwá-t, amely muszlimoknak szólította meg Salman Rushdie és “a kiadványban részt vevõk meggyilkolását”. “A sátáni versek című könyvének”. Rushdie-t soha nem ölték meg. A könyv japán fordítóját azonban 1991-ben halálra szúrták.