Pariisin tutkimukset
Thomas esti itsepintaisesti perhettään vastaan vankeudesta huolimatta. Hänet vapautettiin lopulta ja meni syksyllä 1245 Pariisiin Saint-Jacquesin luostariin, Dominikaanien suureen yliopistokeskukseen; siellä hän opiskeli St. Albertus Magnuksen johdolla, valtavan tutkijan, jolla on laaja älyllinen kiinnostus.
Pakene feodaalimaailmasta, nopea sitoutuminen Pariisin yliopisto ja uskonnollinen kutsumus yhdelle uusista mendikanttiluokista tarkoittivat kaikki paljon maailmassa, jossa hyökkäystä uskottiin perinteiseen institutionaaliseen ja käsitteelliseen rakenteeseen. Evankeliumin ja aikansa kulttuurin kohtaaminen muodosti Thomasin aseman hermokeskuksen ja ohjasi sen kehitystä. Normaalisti hänen työnsä esitetään äskettäin löydetyn aristoteleisen filosofian integroitumiseksi kristilliseen ajatteluun kilpailussa kirkon isien suorittaman platonisen ajattelun integroinnin kanssa kristillisen aikakauden ensimmäisten 12 vuosisadan aikana. Tämä näkemys on pohjimmiltaan oikea; radikaalimmin on kuitenkin myös väitettävä, että Thomasin työ saavutti evankelisen herätyksen kulttuurisen ja hengellisen uudistumisen tarpeelle paitsi yksittäisten ihmisten elämässä myös koko kirkossa. Thomas on ymmärrettävä hänen kontekstissaan pelottavana uskonnollisena, johon vaikuttavat sekä fransiskaanirikollisuuden perustajan Assisilaisen Pyhän Franciscuksen evankeliointi että Dominikaanisen järjestyksen perustajan Pyhän Dominicin omistautuminen tutkimustoimintaan.
Kun Thomas Aquinas saapui Pariisin yliopistoon, arabiala-aristoteleisen tieteen tulo herätti terävän reaktion uskovien keskuudessa, ja kirkon viranomaiset yrittivät useita kertoja estää naturalismin ja rationaalisuus, joka syntyi tästä filosofiasta ja monien kirkollisten mielestä vietteli nuorempia sukupolvia. Thomas ei pelännyt näitä uusia ideoita, mutta kuten mestari Albertus Magnus (ja Roger Bacon, joka luennoi myös Pariisissa), hän opiskeli Aristoteleen teoksia ja luennoi niistä lopulta julkisesti.
Ensimmäistä kertaa historiassa kristityt uskovat ja teologit joutuivat kohtaamaan tieteellisen rationalismin tiukat vaatimukset. Samaan aikaan tekninen kehitys vaati miehiä siirtymään maatalouden yhteiskunnan alkeellisesta taloudesta kaupunkiyhteiskuntaan, jossa tuotanto järjestettiin kaupan kiltoissa, markkinatalous ja syvällinen yhteisöllisyys. Uudet miesten ja naisten sukupolvet, mukaan lukien papit, reagoivat perinteiseen käsitykseen halveksunnasta maailmaa vastaan ja pyrkivät hallitsemaan luonnonvoimia yli järkensä avulla. Aristoteleen filosofian rakenne korosti älykkyyden ensisijaisuutta. Tekniikasta itsestään tuli tapa päästä totuuteen; mekaaniset taiteet olivat voimia kosmoksen inhimillistämiseen. Niinpä kiista universaalien todellisuudesta – ts. Kysymys yleisten sanojen, kuten ”punainen”, ja ”tämän punaisen objektin” kaltaisten yksityiskohtien välisestä suhteesta, joka oli hallinnut varhaisessa skolastisessa filosofiassa, jätettiin taakseen ja johdonmukainen metafysiikka Tietämystä ja maailmaa kehitettiin.
Kesällä 1248 Aquinaiset lähtivät Pariisista Albertusin kanssa, jonka oli määrä ottaa vastaan Dominikaanien Kölnin luostariin perustaman uuden tiedekunnan johto. Hän pysyi siellä vuoteen 1252 asti, jolloin hän palasi Pariisiin valmistautumaan teologian maisteriksi. Poistuttuaan kandidaatin tutkinnosta hän sai licentia docendi (”opetustodistus”) vuoden 1256 alussa ja pian sen jälkeen valmistui maisterin arvon ja etuoikeuksien edellyttämän koulutuksen, joten vuonna 1256 hän aloitti teologian opettamisen yhdessä Pariisin yliopistoon liitetyistä kahdesta dominikaanisesta koulusta.