5. kesäkuuta 1964 Khomeini pidätettiin ja lähetettiin maanpakoon. Hänet karkotettiin Irakiin, Turkkiin ja sitten Ranskaan. Khomeini piti Ranskassa useita puheita Mohammad Reza Pahlavi, Iranin viimeinen shah. 16. tammikuuta 1979 Pahlavi lähti Iranista. Kaksi viikkoa myöhemmin, 1. helmikuuta, Khomeini palasi Iraniin.
Hän sai perinteisen uskonnonopetuksen Qomissa (Iranin kaupungissa). Kun hän asui muutaman vuoden Najafissa (pyhässä kaupungissa Irakissa), hän puhui islamin ajatuksista hallituksesta. Tuona aikana hän tarkensi teoriaansa velayat-e faqihista (”juristihallitus”).
11. helmikuuta 1979 Khomeini nimitti ensimmäisen oman pääministerinsä Medhi Bazarganin. Iranissa järjestettiin 30. maaliskuuta 1979 kansanäänestys, jonka seurauksena monarkia korvattiin islamilaisella tasavallalla. Islamilaisen vallankumouksen jälkeen Khomeinista tuli Iranin ylin johtaja.
Rushdie fatwaEdit
Vuoden 1989 alussa Khomeini julkaisi fatwan, jossa kehotettiin muslimeja tappamaan Salman Rushdie ja ”kaikki julkaisun osapuolet ”hänen kirjasta nimeltä” Saatanalliset säkeet ”. Rushdieta ei ole koskaan tapettu. Kirjan japanilainen kääntäjä puukotettiin kuitenkin kuoliaaksi vuonna 1991.