Am 5. Juni 1964 wurde Khomeini verhaftet und ins Exil geschickt. Er wurde in den Irak, in die Türkei und dann nach Frankreich verbannt. Khomeini hielt in Frankreich viele Reden gegen Mohammad Reza Pahlavi, den letzten Schah des Iran. Am 16. Januar 1979 verließ Pahlavi den Iran. Zwei Wochen später, am 1. Februar, kehrte Khomeini in den Iran zurück.
Er erhielt eine traditionelle Religionsausbildung in Qom (Stadt im Iran). Als er einige Jahre in Nadschaf (einer heiligen Stadt im Irak) lebte, sprach er über islamische Ideen über die Regierung. Während dieser Zeit verfeinerte er seine Theorie von velayat-e faqih („Regierung des Juristen“).
Am 11. Februar 1979 ernannte Khomeini seinen ersten eigenen Premierminister, Medhi Bazargan. Am 30. März 1979 fand im Iran ein Referendum statt, wodurch die Monarchie durch eine Islamische Republik ersetzt wurde. Nach der Islamischen Revolution wurde Khomeini Oberster Führer des Iran.
Rushdie fatwaEdit
Anfang 1989 forderte Khomeini die Muslime auf, Salman Rushdie und „alle an der Veröffentlichung Beteiligten“ zu töten „seines Buches The Satanic Verses. Rushdie wurde nie getötet. Der japanische Übersetzer des Buches wurde jedoch 1991 erstochen.