Undersøgelser i Paris
Thomas holdt stædigt ud mod sin familie på trods af et års fangenskab. Han blev endelig befriet og i efteråret 1245 rejste han til Paris til klostret Saint-Jacques, Dominikanernes store universitetscenter; der studerede han under St. Albertus Magnus, en enorm lærd med en bred vifte af intellektuelle interesser.
Undslippe fra den feudale verden, hurtig forpligtelse til Universitetet i Paris og religiøst kald til en af de nye ordensordrer betød alt sammen meget i en verden, hvor tro på den traditionelle institutionelle og konceptuelle struktur blev angrebet. Mødet mellem evangeliet og hans tids kultur dannede nervecentret i Thomas position og styrede dets udvikling. Normalt præsenteres hans arbejde som integrationen i den kristne tanke af den nyligt opdagede aristoteliske filosofi i konkurrence med integrationen af platonisk tanke foretaget af kirkens fædre i de første 12 århundreder af den kristne tid. Denne opfattelse er i det væsentlige korrekt; mere radikalt skal det imidlertid også hævdes, at Thomas arbejde udførte en evangelisk opvågnen til behovet for en kulturel og åndelig fornyelse ikke kun i de enkelte mænds liv, men også i hele kirken. Thomas skal forstås i sin sammenhæng som en mendicant religiøs, påvirket af både evangelisering af St. Francis of Assisi, grundlægger af den franciskanske orden, og af hengivenhed for stipendium af St. Dominic, grundlægger af den Dominikanske orden.
Da Thomas Aquinas ankom til universitetet i Paris, tilstrømmede arabisk-aristotelisk videnskab en skarp reaktion blandt de troende, og flere gange forsøgte kirkemyndighederne at blokere naturalismen og rationalisme, der stammer fra denne filosofi og forfører ifølge mange kirkelige de yngre generationer. Thomas frygtede ikke disse nye ideer, men som sin herre Albertus Magnus (og Roger Bacon, der også forelæsede i Paris), studerede han Aristoteles værker og foredragte til sidst offentligt om dem.
For første gang i historien blev kristne troende og teologer konfronteret med de strenge krav fra videnskabelig rationalisme. Samtidig krævede den tekniske udvikling, at mænd flyttede fra et landbrugssamfunds rudimentære økonomi til et bysamfund med produktion organiseret i handelsgilde, med en markedsøkonomi og med en dyb følelse af fællesskab. Nye generationer af mænd og kvinder, inklusive gejstlige, reagerede mod den traditionelle forestilling om foragt for verden og stræbte efter mestring over naturens kræfter ved hjælp af deres fornuft. Strukturen i Aristoteles filosofi understregede intelligensenes forrang. Teknologien i sig selv blev et middel til adgang til sandheden; mekanisk kunst var kræfter til humanisering af kosmos. Således blev tvisten om virkeligheden af universelle – dvs. spørgsmålet om forholdet mellem generelle ord som “rød” og oplysninger som “dette røde objekt” – som havde domineret den tidlige skolastiske filosofi, efterladt og en sammenhængende metafysik af viden og om verden blev udviklet.
I løbet af sommeren 1248 forlod Aquinas Paris med Albertus, som skulle tage retning af det nye fakultet, der blev oprettet af dominikanerne ved klosteret i Köln. Han forblev der indtil 1252, da han vendte tilbage til Paris for at forberede sig til graden af master i teologi. Efter at have taget sin bachelorgrad modtog han licentia docendi (“licens til at undervise”) i begyndelsen af 1256 og afsluttede kort tid derefter den nødvendige uddannelse til titlen og privilegierne til master. Så i år 1256 begyndte han at undervise i teologi i en af de to dominikanske skoler, der er indarbejdet i universitetet i Paris.