Den 5. juni 1964 blev Khomeini arresteret og sendt i eksil. Han blev forvist til Irak, Tyrkiet og derefter til Frankrig. Khomeini holdt mange taler i Frankrig mod Mohammad Reza Pahlavi, den sidste shah i Iran. Den 16. januar 1979 forlod Pahlavi Iran. To uger senere, den 1. februar, vendte Khomeini tilbage til Iran.
Han modtog en traditionel religiøs uddannelse i Qom (by i Iran). Da han boede i Najaf (en hellig by i Irak) i nogle år, talte han om islam-ideer om regeringen. I løbet af denne tid forfinet han sin teori om velayat-e faqih (“juristens regering”).
Den 11. februar 1979 udnævnte Khomeini sin første egen premierminister, Medhi Bazargan. Den 30. marts 1979 fandt en folkeafstemning sted i Iran, og som et resultat blev monarkiet erstattet med en islamisk republik. Efter den islamiske revolution blev Khomeini øverste leder for Iran.
Rushdie fatwaEdit
I begyndelsen af 1989 udstedte Khomeini en fatwā, der opfordrede muslimer til at dræbe Salman Rushdie og “alle de involverede i publikationen. “i hans bog kaldet The Satanic Verses. Rushdie er aldrig blevet dræbt. Den japanske oversætter af bogen blev dog stukket ihjel i 1991.