Andet slag ved Bull Run (Manassas) viste sig at være den afgørende kamp i borgerkrigskampagnen mellem Union og konfødererede hære i det nordlige Virginia i 1862. Som en stor EU-styrke under kommando af John Pope ventede på George McClellans hær af Potomac i forventning om en kombineret offensiv, den konfødererede general Robert E. Lee besluttede at slå først. Lee sendte halvdelen af sin hær i det nordlige Virginia for at ramme den føderale forsyningsbase i Manassas. Ledet af Stonewall Jackson, helt fra det første slag ved Bull Run (Manassas) 13 måneder tidligere, greb oprørerne forsyninger og brændte depotet og etablerede derefter skjulte positioner i skoven. Den 29. august sammenstødte pavens føderaler med Jacksons mænd, der holdt jorden med store tab på begge sider. Den følgende dag, efter at resten af Lees hær ankom, startede 28.000 oprørere ledet af James Longstreet et kontraangreb, der tvang pave til at trække sin voldsramte hær mod Washington den nat tilbage.
Optakt til Second Bull Run (Manassas)
I juli 1862 udnævnte præsident Abraham Lincoln Henry Halleck til den nye øverstbefalende for Unionens hære under borgerkrigen, efter at have befriet George B. McClellan for denne kommando den foregående marts. Til Lincolns frustration krævede McClellan flere tropper for at forny sin offensiv mod den konfødererede hovedstad Richmond under halvøskampagnen. Lincoln og Halleck besluttede at tilbagekalde Potomac-hæren til Washington og forene den med den nydannede Army of Virginia, derefter under kommando af general John Pope, for at gøre en kombineret offensiv mod Richmond. Pave, der tidligere havde gjort sit ry i krigens vestlige teater, var kendt for sin tendens til at prale og var meget lide ikke blandt sine kolleger i Unionens generaler, herunder McClellan.
At vide, at McClellans hær var på vej til slutte sig til pave, hvilket ville betyde en overvældende numerisk fordel for føderalerne, besluttede den konfødererede general Robert E. Lee at slå pavens hær, før det skete. I slutningen af august delte han sin hær i det nordlige Virginia og sendte halvdelen under Thomas J. “Stonewall” Jackson mod nordvest for at marchere omkring pavens højre flanke, mens resten under James Longstreet så på pavens hær over Rappahannock-floden. Selvom Union spejdere opdagede Jacksons bevægelse, troede pave, at han var på vej mod Shenandoah-dalen. Inden for to dage dækkede Jacksons hær på omkring 24.000 mere end 50 miles og ramte den føderale forsyningsbase ved Manassas Junction, cirka 25 miles til pavens bagside.
Unionens angreb ved Second Bull Run (Manassas)
Selvom pave derefter vendte sin hær for at konfrontere Jacksons angreb, kunne de ikke finde oprørerne, der havde forladt Manassas Junction og indtaget positioner i skoven og bakkerne et par miles fra stedet for krigens første store engagement, det første slag ved Bull Run (Manassas) i juli 1861. McClellan fortsatte med at modstå at sende tropper frem til pavens hjælp og argumenterede for, at de var nødvendige for at forsvare Washington.
I mellemtiden forblev Lee i kontakt med Jackson via kavaleritropper ledet af Jeb Stuart. Unionens hær passerede over Jacksons front på Warrenton Turnpike, hvilket førte til en ildkamp mellem Jacksons mænd og en af pavens divisioner i skumringen den 28. august nær Brawner Farm. Da det sluttede i et dødvande, forberedte pave sin hær natten over til at angribe de konfødererede. I den tro, at Jackson forberedte sig på at trække sig tilbage for at slutte sig til resten af oprørshæren (og ikke indså, at Longstreet faktisk kom frem til at slutte sig til Jackson), ventede pave ikke med at samle en stor styrke, men sendte divisioner i mindre angreb på de konfødererede stillinger om morgenen den 29. august. Jacksons mænd formåede at holde jorden og vendte det føderale angreb tilbage med store tab på begge sider.
Konfødererede hær under Robert E. Lee vinder andet slag ved Bull Run (Manassas)
På venstre for Unionen trodsede Fitz John Porter pavens ordrer om at føre sine mænd frem mod de konfødererede den 29. august og troede, at han stod over for hele Longstreets korps. Faktisk ankom Longstreets mænd ved middagstid og tog stilling til Jacksons flanke. (Porter blev senere krigsretlig og dømt for sin manglende handling, skønt dommen til sidst blev omvendt i 1886, efter at de erobrede konfødererede dokumenter beviste, at Porter faktisk havde stået over for Longstreets korps.) Longstreet blev for sin del skræmt af den ukendte størrelse Unionens styrke overfor ham (under kommando af Porter og Irvin McDowell). Da Lee foreslog, at han skulle gå videre den 29. august for at aflaste presset på Jackson, modstod Longstreet og insisterede på, at det ville være bedre at kæmpe i forsvaret.
Da flere konfødererede brigader justerede deres position den aften, tog pave fejlagtigt bevægelse til begyndelsen af et tilbagetog.Efter at have sendt besked til Washington om en forestående sejr og hans hærs planlagte forfølgelse af den tilbagetogende fjende fornyede han Unionens angreb den 30. august. Unionen forlod, som var blevet svækket, efter at pave flyttede sine tropper til højre for at ramme Jackson. Stillet over for Lees hele hær blev føderalerne tvunget tilbage til Henry House Hill, stedet for de hårdeste kampe i det tidligere Bull Run-slag. Den aften beordrede en knust pave sin hær til at falde tilbage over Bull Run mod Washington, DC
Virkningen af Second Bull Run (Manassas)
En bølge af fortvivlelse rullede over Norden med nyheden om kampens resultat, og moral i hæren sank til nye dybder. Beskyldninger fløj blandt pave, McClellan, McDowell og Porter om, hvem der var skylden for nederlaget. Hans kabinet (især krigsminister Edwin M. Stanton) pressede på for McClellans afskedigelse, og Lincoln havde selv hårde synspunkter på generalens opførsel. Men da McClellan havde soldaternes urokkelige støtte, og Lincoln havde brug for en hurtig omorganisering af EU-styrker, forlod han McClellan under kommando.
På trods af tunge konfødererede tab (9.000), slaget ved Second Bull Run (kendt som Anden Manassas i Syd) var en afgørende sejr for oprørerne, da Lee havde formået en strategisk offensiv mod en fjendestyrke (Pave og McClellans) dobbelt så stor som sin egen. Under pres på sin fordel efter den nordlige Virginia-kampagne, startede Lee en invasion af Norden, krydsede Potomac ind i det vestlige Maryland den 5. september. McClellan forenede sin hær med Army of Virginia og marcherede nordvest for at blokere Lees invasion. Den 17. september kolliderede de to generaler i slaget ved Antietam, den dyreste eneste kampdag i amerikansk historie.