5. června 1964 byl Chomejní zatčen a poslán do exilu. Byl vyhoštěn do Iráku, Turecka a poté do Francie. Chomejní přednesl ve Francii mnoho projevů proti Mohammadovi Rezovi Pahlavimu, poslednímu íránskému šáhovi. 16. ledna 1979 Pahlavi opustil Írán. O dva týdny později, 1. února, se Chomejní vrátil do Íránu.
Dostal tradiční náboženské vzdělání v Qom (město v Íránu). Když několik let žil v Nadžafu (svaté město v Iráku), hovořil o islámských představách o vládě. Během této doby zdokonalil svou teorii velayat-e faqih („vláda právníka“).
Dne 11. února 1979 Chomejní jmenoval svého prvního vlastního předsedu vlády Medhi Bazargana. 30. března 1979 se v Íránu konalo referendum a v důsledku toho byla monarchie nahrazena islámskou republikou. Po islámské revoluci se Chomejní stal nejvyšším vůdcem Íránu.
Rushdie fatwaEdit
Na začátku roku 1989 Chomejní vydal fatwu vyzývající k muslimům, aby zabili Salmana Rushdieho a „všechny osoby zapojené do publikace „jeho knihy s názvem Satanské verše. Rushdie nebyl nikdy zabit. Japonský překladatel knihy byl však v roce 1991 ubodán k smrti.