El 5 de junio de 1964, Khomeini fue arrestado y enviado al exilio. Fue exiliado a Irak, Turquía y luego a Francia. Jomeini pronunció muchos discursos en Francia contra Mohammad Reza Pahlavi, el último Sha de Irán. El 16 de enero de 1979, Pahlavi abandonó Irán. Dos semanas después, el 1 de febrero, Jomeini regresó a Irán.
Recibió una educación religiosa tradicional en Qom (ciudad de Irán). Cuando vivió en Najaf (una ciudad santa en Irak) durante algunos años, habló sobre las ideas del Islam sobre el gobierno. Durante ese tiempo, refinó su teoría del velayat-e faqih («gobierno del jurista»).
El 11 de febrero de 1979, Khomeini nombró a su primer primer ministro, Medhi Bazargan. El 30 de marzo de 1979 se celebró un referéndum en Irán y, como resultado, la monarquía fue reemplazada por una República Islámica. Después de la Revolución Islámica, Jomeini se convirtió en líder supremo de Irán.
Rushdie fatwaEdit
A principios de 1989, Jomeini emitió una fatwā en la que pedía a los musulmanes que mataran a Salman Rushdie y «a todos los involucrados en la publicación «de su libro llamado Los versos satánicos. Rushdie nunca ha muerto. Sin embargo, el traductor japonés del libro fue asesinado a puñaladas en 1991.