Ett viktigt tillägg till lagarna innefattade skapandet av fem militära distrikt i söder, var och en befälhavda av en general, som skulle fungera som den fungerande regeringen för regionen. Dessutom krävde kongressen att varje stat utarbetade en ny statskonstitution, som måste godkännas av kongressen. Staterna var också skyldiga att ratificera det fjortonde ändringsförslaget till Förenta staternas konstitution och bevilja svarta män rösträtt. President Andrew Johnsons vetor mot dessa åtgärder åsidosattes av kongressen.
General George Meade (av det tredje militära distriktet) utsåg brigadgeneral Thomas H. Rugerto att ersätta Georgiens guvernör Charles J. Jenkins, som hade valdes som den enda kandidaten 1865 som efterträdde James Johnson, som hade utsetts av president Andrew Johnson.
Efter att ex parte McCardle (1869) kom inför USA: s högsta domstol, fruktade kongressen att domstolen kanske slå ned rekonstruktionsåtgärderna som författningsstridig. För att förhindra detta upphävde kongressen Habeas Corpus Act 1867 och eliminerade högsta domstolens behörighet i ärendet.