Spansk regel (1539–1898) Rediger
El Morro
På råd fra Gonzalo Fernández de Oviedo y Valdés ble det bygget et batteri på det steinete odden kalt «Morro», da La Fortaleza var ble ansett som uegnet. Dette batteriet besto av et tårn med 4 omfavnelser, og et vannbatteri ved foten av skråningen for 3 våpen. I 1555 hadde Morro 8 bronsekanoner, som et forsvar mot franske privatpersoner.
Under den spanske regjeringen på øya overlevde El Morro, også kjent som Castillo de San Felipe, flere angrep fra utenlandske makter på forskjellige anledninger.
I 1593 komponerte portugisiske soldater, sendt fra Lisboa på ordre fra Phillip II, den første garnisonen til San Felipe del Morro-festningen i Puerto Rico. Noen tok med seg konene sine, mens andre giftet seg med puertoricanske kvinner, og i dag er det mange puertoricanske familier med portugisiske etternavn.
I 1595 angrep engelskmannen Sir Francis Drake uten hell San Juan med sin flåte i slaget ved San Juan (1595).
I 1598 angrep engelskmennene igjen, ledet av George Clifford, 3. jarl av Cumberland. Clifford lyktes fordi han angrep San Juan over land i stedet for å prøve å komme inn gjennom San Juan Bay. En epidemi av dysenteri tvang ham imidlertid til å flykte fra øya etter slaget ved San Juan (1598).
I 1625 angrep også nederlenderne, ledet av Boudewijn Hendricksz, øya som etterlignet George Cliffords overland. Til innbyggernes forbauselse klarte inntrengerne å passere foran slottets forsvarere og inn i havnen, utenfor rekkevidden til byens kanoner. El Morro klarte å motstå beleiringen og fikk til slutt nederlenderne trekke seg tilbake, selv om angriperne klarte å plyndre og brenne byen før de forlot slaget ved San Juan (1625).
I 1797, den britiske general Ralph Abercromby og admiral Henry Harvey, med en styrke på 7.000–13.000 menn, invaderte øya Puerto Rico. Kaptein general Don Ramón de Castro og hans styrker frastøt angrepet. Abercromby og Harvey ble beseiret i slaget ved San Juan (1797).
El Morros siste aktive kamp skjedde under en marinebombardement av den amerikanske marinen under den spansk-amerikanske krigen i 1898, og endte a ge av marine krigføring i Karibia, i det minste i klassisk forstand. Under den spansk-amerikanske krigen ble slottet angrepet minst tre ganger av amerikanske flåtestyrker, den største var bombardementet i San Juan 12. mai 1898. Krigen endte med undertegnelsen av Paris-traktaten, der Spania avsto. eierskap til øyene Puerto Rico, Cuba, Guam og Filippinene til USA.
Amerikansk militær okkupasjon (1898–1961) Rediger
Modifisering av den spanske befestningen av amerikansk militær under andre verdenskrig
El Morro og mange andre spanske regjeringsbygninger i gamle San Juan ble en del av en stor amerikansk hærpost, kalt Fort Brooke. På begynnelsen av 1900-tallet fylte det amerikanske militæret esplanaden (det grønne området foran «El Morro») med baseballdiamanter, sykehus, offiserer «kvartaler, en offiserklubb og til og med en golfbane.
21. mars 1915 var løytnant Teófilo Marxuach dagens offiser på El Morro-festningen. Odenwald (bygget i 1903 og ikke forvekslet med det tyske krigsskipet med samme navn) var et bevæpnet tysk forsyningsskip som prøvde å tvinge seg ut av bukten og levere forsyninger til de tyske ubåtene som ventet i Atlanterhavet. Hav. Løytnant Marxuach ga ordre om å åpne ild på skipet, som ble tvunget til å komme tilbake; forsyningene ble konfiskert. Skuddene som ble bestilt av løytnant Marxuach, er allment ansett for å være de første skuddene som ble avfyrt USA i første verdenskrig, selv om det første faktiske krigstidsskuddet som ble avfyrt av USA kom den dagen krigen ble erklært, under kaste av SMS Cormoran. utenfor Guam.
Under andre verdenskrig la den amerikanske hæren til en massiv betongbunker på toppen av El Morro for å fungere som en Harbor Defense Fire Control Station for å lede et nettverk av kystartilleristeder og for å beholde se etter tyske ubåter som herjet med skipsfarten i Karibia. Et fyrtårn, ombygd av den amerikanske hæren i 1906–08, er det høyeste punktet på El Morro, som står 55 meter over havet. Flaggstenger på El Morro fører i dag vanligvis USAs flagg, det Puerto Ricanske flagget og Burgundy-korset, også kjent på spansk som las Aspas de Borgoña, en standard som ble mye brukt av spanske hærer rundt om i verden fra 1506 til 1785.
Nasjonalpark (1961 – nåtid) Rediger
Panoramautsikt over byen fra slottet
I 1961 trakk den amerikanske hæren offisielt pensjon fra El Morro. Fortet ble en del av National Park Service for å bli bevart som museer.I 1983 ble Castillo og bymurene erklært et verdensarvsted av FN. Til ære for Quincentennial of the Columbus-reise i 1992 ble den utvendige esplanaden ryddet av palmer som den amerikanske hæren hadde plantet i Fort Brooke-tiden, og gjenopprettet til det åpne utseendet dette «ildfeltet» for El Morros kanon ville ha hatt i spanske kolonitider. Parkeringsplasser og asfalterte veier ble også fjernet, og El Morro fyr reparerte og restaurerte til sitt opprinnelige utseende. El Morro ble brukt som filmsett i 1996-filmen Amistad. Steven Spielberg brukte det til å representere et fort i Sierra Leone hvor afrikanske slaver ble auksjonert i 1839. Afrikansk slavearbeid ble brukt i tillegg til lokal arbeidskraft for å bygge castillo. El Morro var en defensiv militær festning og en hovedkomponent i San Juan havneforsikringssystem. Puerto Rico som sådan ble av den spanske kronen betraktet som «nøkkelen til Antillene»; intet fiendeskip kunne navigere i vannet uten frykt for fangst.
En årlig håndverkerfestival holdes på fortet hver juli.