A törvények egyik legfontosabb kiegészítése öt katonai körzet létrehozását jelentette Délen, amelyek mindegyikét egy tábornok vezette, amelyek a régió megbízott kormányaként működnének. Ezenkívül a kongresszus megkövetelte, hogy minden állam készítsen egy új állami alkotmányt, amelyet a kongresszusnak kell jóváhagynia. Az államoknak továbbá meg kellett erősíteniük az Egyesült Államok alkotmányának tizennegyedik módosítását, és szavazati jogot kellett biztosítaniuk a fekete férfiaknak. Andrew Johnson elnök ezen intézkedések vétóit felülbírálta a kongresszus.
George Meade tábornok (a harmadik katonai körzetből) Thomas H. Rugerto dandártábornokot nevezte ki George J. Jenkins grúz kormányzó helyére. 1865-ben az egyetlen jelöltnek választották James Johnson utódjává, akit Andrew Johnson elnök nevezett ki.
Miután az Ex parte McCardle (1869) az Egyesült Államok Legfelsőbb Bírósága elé került, a kongresszus attól tartott, hogy a Bíróság szüntesse meg az újjáépítési törvényeket alkotmányellenesnek. Ennek megakadályozása érdekében a kongresszus hatályon kívül helyezte az 1867-es Habeas Corpus Act-t, megszüntetve a Legfelsőbb Bíróság hatáskörét az ügyben.