Eine wichtige Ergänzung der Gesetze war die Schaffung von fünf Militärbezirken im Süden, die jeweils von einem General kommandiert wurden und als amtierende Regierung für die Region fungieren sollten. Darüber hinaus forderte der Kongress, dass jeder Staat eine neue Staatsverfassung entwirft, die vom Kongress genehmigt werden müsste. Die Staaten waren auch verpflichtet, die vierzehnte Änderung der Verfassung der Vereinigten Staaten zu ratifizieren und schwarzen Männern Stimmrechte zu gewähren. Die Vetos von Präsident Andrew Johnson in Bezug auf diese Maßnahmen wurden vom Kongress außer Kraft gesetzt.
General George Meade (vom Dritten Militärbezirk) ernannte Brigadegeneral Thomas H. Rugert, um den Gouverneur von Georgia, Charles J. Jenkins, zu ersetzen wurde 1865 als einziger Kandidat für die Nachfolge von James Johnson gewählt, der von Präsident Andrew Johnson ernannt worden war.
Nachdem Ex parte McCardle (1869) vor den Obersten Gerichtshof der Vereinigten Staaten gekommen war, befürchtete der Kongress, dass der Gerichtshof dies könnte Um dies zu verhindern, hob der Kongress das Habeas Corpus Act von 1867 auf und beseitigte die Zuständigkeit des Obersten Gerichtshofs für den Fall.