En vigtig tilføjelse til retsakterne omfattede oprettelsen af fem militære distrikter i Syd, hver med kommando af en general, der ville tjene som fungerende regering for regionen. Derudover krævede Kongressen, at hver stat udkast til en ny statsforfatning, som skulle godkendes af Kongressen. Staterne var også forpligtet til at ratificere den fjortende ændring af De Forenede Staters forfatning og give sorte mænd stemmeret. Præsident Andrew Johnsons vetoer mod disse foranstaltninger blev tilsidesat af Kongressen.
General George Meade (fra det tredje militære distrikt) udnævnte brigadegeneral Thomas H. Rugerto til at erstatte guvernør i Georgien Charles J. Jenkins, som havde blev valgt som den eneste kandidat i 1865 til efterfølger af James Johnson, der var blevet udnævnt af præsident Andrew Johnson.
Efter at ex parte McCardle (1869) kom for USAs højesteret frygtede kongressen, at retten måske slå genopbygningshandlingerne ned som forfatningsmæssige. For at forhindre dette ophævede Kongressen Habeas Corpus Act 1867 og eliminerede højesterets jurisdiktion over sagen.