NapsterEdit
1. června 1999 vydal Fanning předběžný beta program Napsteru a brzy stovky vysokoškolských studentů na severovýchodě obchodovali s hudbou. Sean Parker byl spoluzakladatelem.
SnocapEdit
V roce 2002 byl Fanning jmenován do MIT Technology Review TR100 jako jeden ze 100 nejlepších inovátorů na světě do 35 let V roce 2003 otevřel novou společnost Snocap spolu s Jordanem Mendelsonem (hlavním architektem Napsteru) a Ronem Conwayem. Společnost usilovala o legitimní tržiště digitálních médií. Jejich partneři a veřejnost však neodpověděli. No. Zákaznická podpora byla špatná a technických problémů bylo mnoho. Jeden z jejich hlavních partnerů, CD Baby, napsal ošklivou zprávu o jejich vztahu. Na konci roku 2007 Snocap propustil 60% své pracovní síly. ValleyWag napsal článek, který měl Fanning dlouho opustil Snocap a začal pracovat na jiném podniku, Rupture. Článek ValleyWag uvedl, že selhání bylo z velké části způsobeno generálním ředitelem Snocapu Rusty Rueffem a bývalým viceprezidentem Davem Rowleyem, který „udělal nepořádek před tím, než byl propuštěn „. Snocap se snažil rychle prodat. V roce 2008 našli kupce; Společnost imeem získala Snocap při prodeji ohně.
RuptureEdit
Projekt Rupture byl vyhlášen v roce 2007 s počátečním financováním a CrunchBase zaznamenává datum, kdy se Shawn oficiálně stal generálním ředitelem Rupture 2. října 2007 .
V prosinci 2006 vyvinula Fanning společně se spoluzakladatelem Jonem Baudanzou Rupture, nástroj sociálních sítí navržený tak, aby zvládl úkol publikovat jednotlivé profily hráčů do komunálního prostoru a usnadňovat komunikaci mezi World of Hráči Warcraftu. Rupturu později získalo Electronic Arts za 30 milionů dolarů. Fanningova kariéra v Electronic Arts trvala jen krátce, protože v listopadu 2009 ho propustili i jeho tým v Rupture.
PathEdit
Několik měsíců poté, co byl Fanning propuštěn z Electronic Arts, založil novou společnost s názvem Path.com. V lednu 2010 Dave Morin oznámil, že opouští Facebook, kde byl senior manažerem platformy, aby se připojil k společnosti Fanning a stal se generálním ředitelem společnosti Path.
AirtimeEdit
V roce 2011 se společnost Fanning znovu sešla s Napsterem spoluzakladatel Sean Parker a založil Airtime.com. Někteří z investorů jsou Ron Conway, Michael Arrington a Ashton Kutcher. Fanning slouží jako generální ředitel a Parker jako výkonný předseda.
Vysílací čas byl zahájen v červnu 2012 na katastrofální veřejné akci, kde Parker a Fanning zaplatili obrovské částky za přítomnost celebrit, ale produkt opakovaně havaroval a nakonec nefungoval . Greg Sandoval z CNET uvedl: „Aby mohl Sean Parker zahájit svůj nový start-up, měl utratit méně ze svých miliard za hosty celebrit a více z toho za opravu své technologie.“
Helium SystemsEdit
V roce 2013 založila společnost Fanning Helium Systems společně s Amirem Haleemem a Seanem Careym. V prosinci 2014 společnost oznámila, že získala financování ve výši 16 milionů USD, které vedla společnost Khosla Ventures, mimo jiné za účasti společností FirstMark Capital, Digital Garage, Marc Benioff, SV Angel a Slow Ventures.