1955, Ing. Karel Hartl började överväga att korsa en Karpatergrå varg med en schäfer (tysk: Deutscher Schäferhund, tjeckiska: Německý ovčák, slovakiska: Nemecký ovčiak) som ett vetenskapligt experiment vid militärhallen i Tjeckoslovakien. Några år senare föddes dock idén att etablera en ny ras. De första hybriderna av en kvinnlig varg som heter Brita och en manlig schäfer som heter Cézar föddes den 26 maj 1958 i Libějovice.
Valpar av den första generationen liknade vargen i utseende och beteende. Deras uppväxt var svår; träning var möjlig, men resultaten matchade knappast ansträngningen. I vuxen ålder föddes de igen med tyska herdar, vilket minskade andelen vargblod till 6,25% i fjärde generationen. De flesta individer från tredje och fjärde generationen kunde gå på en normal kurs och kunde placeras i tjänsten. Jämfört med hundar hade de bättre navigationsförmåga, nattsyn, hörsel och luktsinne. I test av uthållighet avslutade hybrider hela rutten på 100 km utan att vara uttömd.
En föreläsning av Ing. Karel Hartl, ”Resultat av att korsa vargar med hundar”, väckte stor uppmärksamhet vid World Dog Show i juni 1965 i Brno och i Prag vid årsmötet för Fédération Cynologique Internationale (FCI) och International Cynologic Congress. Året därpå började Ing. Hartl sammanställde ett utkast till en ny hundras. Parning av vargen Brita med den tyska herden Kurt skapade sedan grunden för en andra rad. En tredje rad gjordes genom att gå med vargen Argo med den kvinnliga schäfer Asta från SNB. År 1977 täcktes en tredje generationens hybridhona som heter Xela av gränsbevakningen av vargen Sarika; han parade sig också med den kvinnliga Orta från gränsbevakningen.
Men rasen-in-foundation vägrade upprepade gånger erkännande, och på 1970-talet flyttades de flesta avelhundarna till de slovakiska militärhallen nära Malacky, under överinseende av vice befälhavare major František Rosík. 1971–1981 föddes kullar bara i Slovakien. 1982 grundades klubben för tjeckoslovakiska Wolfdog Breeders (Klub chovatelů československého vlčáka) i Brno, med auktoritet över hela fd Tjeckoslovakiens territorium.
1982 presenterades rasen igen för erkännande av František Rosík genom klubben för tjeckoslovakiska Wolfdog Breeders (nu uppdelad i tjeckiska och slovakiska Breed Club), och den här gången erkändes den av de tjeckoslovakiska uppfödarföreningarna som en nationell ras. Det senaste tillskottet av vargblod ägde rum 1983. Vargen Lejdy från Ohrada Zoo i Hluboká nad Vltavou födde den sista raden i den nya rasen, valparnas far var den tyska herden Bojar von Shottenhof. Sedan dess har avel endast genomförts i slutna populationer och den utvecklade rasen hänvisas till som tjeckoslovakiska Wolfdogs.
1989 blev den provisoriskt erkänd som FCI-standard nr 332, grupp 1, avsnitt 1. Den vann titeln ”världsmästare” vid världshundutställningen i Brno 199 0. Tio år senare, 1999, bekräftade rasen dess livskraft och uppfyllde alla kriterierna i FCI, vilket fick fullt erkännande av den tjeckoslovakiska Wolfdog-rasen.
År 2012 var rasen 168 vuxna honor och 170 vuxna män som är officiellt registrerade i Tjeckien. Från och med januari 2014 är de flesta valpar varje år registrerade i Italien (upp till tvåhundra), i Tjeckien (cirka 100) och i Slovakien (cirka 50). Rasen växer i popularitet också i Storbritannien, med ett antal tjeckoslovakiska Wolfdogs som arbetar inom Sök och räddning, med stöd av en dedikerad Breed Club.