Takoyaki populariserades först i Osaka, där en gatuförsäljare vid namn Tomekichi Endo har fått sin uppfinning 1935. Takoyaki inspirerades av akashiyaki, en liten rund dumpling från staden Akashi i Hyogo Prefektur gjord av en äggrik smet och bläckfisk. Takoyaki var ursprungligen populär i Kansai-regionen och spred sig senare till Kantō-regionen och andra områden i Japan. Takoyaki är förknippat med yatai-matboder, och det finns många väletablerade takoyaki-specialrestauranger, särskilt i Kansai-regionen. Takoyaki säljs nu på kommersiella butiker, såsom stormarknader och närbutiker dygnet runt.
Det är också mycket populärt i taiwanesiskt kök på grund av den japanska kulturens historiska inflytande.
äldsta kända takoyaki-butiken är Aizuya i Osaka. Grundades av Tomakichi Endo och har varit öppen sedan 1930-talet. Den första takoyaki inkluderade nötkött och konjac, men senare gick Endo över till att använda den nu traditionella bläckfisken och gav smaken till smeten. Takoyaki ätas sedan med brun sås, liknar Worcestershire sås. Maten, känd som ”bläckfiskbollar”, blev snabbt populär i hela Japan.