Southeastern University grundades 1935 i New Brockton, Alabama av Assemblies of God Alabama District superintendent J.C. Thames och andra sydöstra distriktsledare som Alabama Shield of Faith Institute. Det döptes om till South-Eastern Bible Institute (SEBI) 1936. Ursprungligen beläget i en tidigare gymnasium i New Brockton, Alabama, öppnade det sina dörrar för studenter den 4 november 1935, under ledning av fyra fakultetsmedlemmar. Två år senare, i maj 1937, hölls de första examensövningarna. Sjutton studenter fick examensbevis för det tvååriga akademiska programmet.
SEBI fortsatte lektionerna i New Brockton fram till 1940 då beslut fattades att konsolidera skolan med Beulah Heights Bible Institute i Atlanta, Georgia. Skolan var känd från 1940 till 1942 som Beulah Heights — South-Eastern Bible Institute. Hösten 1942 accepterade distriktsinspektörerna i de sydöstra distrikten inbjudan av pastor Ralph Byrd och hans församling att flytta skolan till en annan plats i Atlanta där den återigen döptes om till SEBI. 1946 röstade skolans styrelse för att säkra en permanent plats för hela skolans utveckling. En ny campuslokal köptes senare samma år i Lakeland, Florida. Atlanta-campus såldes och utveckling av den nya sajten. började. Studentkroppstillväxten fortsatte på det nya centrala Florida-campus tillsammans med det akademiska programmet.
Bush Chapel
SEBI blev South-Eastern Bible College 1956 när skolan började erbjuda fyraåriga kandidatexamen. Efter att ha lagt till utbildningsgrader ändrade högskolans styrelse skolnamnet till Southeastern College of the Assemblies of God 1977. 1986 fick Southeastern regional ackreditering av Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Ackreditering bekräftades på nytt 1991, 2001 och 2011. 2005 blev Southeastern College officiellt Southeastern University och började erbjuda sina första magisterexamen och bildade högskolorna för konst och vetenskap, företag, kristna ministerier och religion och utbildning. Sedan dess har universitetet också bildat högskolorna för beteendevetenskap och samhällsvetenskap samt natur- och hälsovetenskap. År 2014 började det sitt första doktorandprogram, EdD.
2011 genomförde Sydostern flera initiativ som resulterade i snabb tillväxt. Från 2500 studenter 2012 utvidgades skolan till 4538 hösten 2015, en tillväxttakt på 78% sedan 2011. Under 2012 godkände Sydostern tillägget av ett omvårdnadsprogram och tillägget av ett college-fotbollslag. Fotbollsutvidgningen omfattade byggandet av en stadion med plats för 3500 åskådare och ett atletiskt träningscenter. Fotbollslaget Southeastern Fire spelade sin första hemmamatch hösten 2014. Dessutom öppnade skolan 2014 nya baseball- och fotbollsanläggningar. År 2015 började byggandet av flera nya akademiska byggnader, ett nytt atletkomplex inklusive ett gym och en 8-spårig bana. Hösten 2015 öppnade Southeastern en ny 27.000 kvadratmeter naturlig och hälsovetenskaplig byggnad. Den nya anläggningen inkluderar ett auditorium, kemilaboratorier, datalaboratorier, undersökningsrum, patientvårdsrum och ett omvårdnadssimuleringslaboratorium. Sommaren 2015 rivdes Spence Hall, Lindsey Science Building och Music Hall för att ge plats för Live / Learn-anläggningen, känd som Buena Vida. Anläggningen på 125 000 kvadratmeter färdigställdes hösten 2016 och inkluderar klassrum, fakultetskontor, studentbostäder och en maträtt. Det första segmentet av Buena Vida, kör- och repetitionshallen, öppnade i september. Den totala kostnaden för expansionsprogrammet kommer att vara mellan $ 25 och $ 50 miljoner.
Southeastern erbjuder 55 kandidatexamen, 16 magisterexamen och två doktorsexamen. Sedan president Kent J. Ingle kom till Sydostern 2011 har universitetet lanserat 80 förlängningsplatser över hela landet, en ökning från föregående års 50 förlängningsplatser. Platserna finns i 29 delstater, inklusive Florida, som har 19. examina som erbjuds på platserna inkluderar en rad olika biträdande, kandidatexamen och en magisterexamen i ministerium och ledarskap.