Den mark som Six Flags Hurricane Harbor Splashtown nu upptar var i början av 1980-talet hem för en nöjespark som kallas Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land verkade bara i två säsonger innan dess ägare, Kings Entertainment Company, sålde parken till privata investerare. Nöjesparken hade tagit bort alla åkattraktioner, med de nya ägarna som installerade en vattenpark med flera vattenrutschbanor. Mycket av parkens viktorianska byggnader, gatubelysning och landskapsarkitektur kvarstod. Splashtown USA öppnade för allmänheten strax efter.
På 1990-talet bytte parken ägare två gånger: först till Morris-familjen 1994 och sedan till Six Flags i maj 1999. Förvärvet gjordes av Six Flags för att eliminera parken från att vara en konkurrent till dess Six Flags WaterWorld-vattenpark, som också ligger i Houston. Parken döptes om till Six Flags SplashTown 2000.
Efter stängningen av Six Flags WaterWorld och angränsande Six Flags AstroWorld i oktober 2005, genomförde Six Flags en omstrukturering av Six Flags SplashTown, vilket resulterade i att parkens General Manager, Operations Manager och Food Service Manager avslutades. i början av november 2005. I januari 2006 tillkännagavs att den tidigare Operations Manager för WaterWorld skulle bli den nya Splashtown Operations Manager. Flera av WaterWorlds attraktioner flyttades till SplashTown. Parken genomgick en ”ansiktslyftning” samt allmän rengöring för att förbereda den inför öppningsdagen den 28 april 2006. Ingången fick ett nytt skylt med tillägg av renoverade byggnader och i januari 2007 meddelade Six Flags att SplashTown tillsammans med sex andra parker skulle säljas för totalt 312 miljoner dollar. Avtalet innebar att Six Flags säljer fastigheterna till PARC Management, som i turn sålde fastigheterna till CNL Lifestyle Properties. CNL hyrde sedan tillbaka fastigheterna till PARC Management under ett 52-årigt triple-netto-hyresavtal. Efter mindre än tre år i 52-åriga kontrakt avslutade CNL dock sina avtal med PARC Management i november 2010. I början av 2011 utsåg CNL Premier attraktioner Management, LLC (nu Premier Parks, LLC) som nya operatörer av parken. På den tiden leddes aktiebolaget av tidigare Six Flags anställda Kieran Burke, den tidigare ordförande och CEO, och Gary Story, före detta president och verkställande direktör.
I november 2013 förvärvade CNL Lifestyle Properties rättigheter till varumärket Wet ”n” i USA från det australiensiska företaget Village Roadshow Theme Parker. Under de kommande månaderna omprövade CNL flera av sina fastigheter till Wet ”n” Wild Water Parks, inklusive SplashTown Houston, som blev Wet ”n” Wild SplashTown. Själva parken fick en miljontals renovering.
I slutet av 2016 meddelade CNL Lifestyle Properties att man sålde äganderätt till femton attraktionsfastigheter, inklusive Wet ”n” Wild Splashtown, tillsammans med fem små familjeunderhållningscentra till EPR Properties för cirka 456 miljoner dollar. Transaktionen slutfördes i april 2017. Premier Parks LLC förblev som operatör.
Den 22 maj 2018 förvärvade Six Flags hyresrättigheterna från Premier Parks LLC för att förvalta flera parker som ägs av EPR Properties. Splashtown renoverades under lågsäsongen och bytte namn till Six Flags Hurricane Harbour Splashtown under 2019.
På grund av COVID-19-pandemins växande oro meddelade Six Flags ett avbrott i verksamheten i hela företaget i mars 13, 2020. Six Flags Hurricane Harbor Splashtown var planerad att öppnas för säsongen 2020 den 22 maj, men släppte ett nytt öppningsdatum den 29 juni. Den 26 juni, tre dagar före det nya öppningsdatumet, meddelade vattenparken att det återöppningen försenades på obestämd tid för att följa de lokala landstingets riktlinjer. I början av augusti meddelade parktjänstemän att verksamhetssäsongen 2020 hade avbrutits och att Six Flags Hurricane Harbor Splashtown ser fram emot att öppna igen 2021. Detta skulle vara den första säsongen för vattenparken som inte fungerar sedan starten 1984.