Klubben spårar sina rötter till en resa 1889–1890 av William K. Vanderbilt, Edward Meade och Duncan Cryder, till Biarritz i södra Frankrike där de mötte mästargolfspelaren Willie Dunn , från Skottland, som byggde en golfbana på orten.
Tillbaka i USA letade Meade och Cryder efter en plats för en golfbana nära New York City. Meade, känd för sina cowboy-ish antics handelsvaror, var övertygad om att New York skulle vara det perfekta läget, men Cryder föredrog ett jordskifte i Yonkers. I slutändan valde de sandkullarna som gränsar till Long Island Rail Road strax öster om Shinnecock-kanalen. Originalet på 32 hektar (32 hektar) köptes från utvecklare för 2500 dollar och 44 originalmedlemmar registrerade sig för 100 dollar vardera.
Willie Davis, klubbproffs från Royal Montreal Club, designade en 12-håls kurs som öppnade på sensommaren 1891. Medlemmar av Shinnecock Indian Nation hjälpte till att bygga banan, som ligger på den stora yta som nationen hävdar att de olagligt togs från dem av tidigare bosättare i området 1859. Klubben hedrar idag sin anslutning till nationens arv med dess emblem som visar en indianchef. Stanford White designade klubbhuset 1892, sägs vara det äldsta golfklubbhuset i USA. En nio-håls enbart dambana designades och byggdes vid Shinnecock Hills 1893, den första damgolfbanan i amerikansk historia.
1901
1894 anlände Dunn och lade till ytterligare sex hål vilket gav totalt 18. Samma år vann Dunn turneringen som var en invig försök att etablera ett nationellt mästerskap i Newport, Rhode Island, men denna seger erkändes inte som officiell. Senare 1894 var Shinnecock Hills en av fem grundarklubbar i United States Golf Association, etablerad i New York City. Den nya USGA höll det första US Open 1895 i Newport, Rhode Island.
1896 var Shinnecock, då-5 000 m, värd för det andra U.S. Open. Många spelare bröt 80 i 36-hålsevenemanget, vilket ledde till krav på att öka banans svårighet. Deltagande i 1896 Open var den svarta proffsspelaren John Shippen, som av många historiker tros ha varit den första USA-födda golfproffs.
År 1901 infördes dambanan i en förlängd och omdesignad bana av Charles B. Macdonald och Seth Raynor, och behöll fem av Dunns ursprungliga hål.
William Flynn omdesignades omfattande. banan 1931 i en 6 740-yard (6 163 m) konfiguration. Flynn design behåller fem av hålen av Macdonald och Raynor, och det gröna av ett sjätte hål designat av dessa två. Före US Open 2004 förlängdes banan till en längd av 6 996 yards (6 397 m) genom tillägg av extra tees.
Shinnecock Hills rankades som nummer två i Golf Digests 100 Greatest Courses Ranking för 2007, 2008 och tredje året 2009.
Dess dirigering bibehölls och flera nya utslagsplatser lades till som förberedelse för US Open 2018. Kursen förlängdes till 7440 yards och behöll sin nivå på 70. Shinnecock Hills är planerad att vara värd för US Open 2026.
Klubben håller också en niohåls sekundärbana för användning av sina medlemmar.