Darwin blev inbjuden av FitzRoy att bidra med den naturhistoriska delen till kaptenens berättelse om Beagles resa. Med hjälp av sina fältanteckningar och den dagbok som han hade skickat hem för sin familj att läsa, avslutade han detta avsnitt senast i september 1837. FitzRoy var tvungen att redigera anteckningarna från den tidigare kaptenen i Beagle, samt skriva sin egen redogörelse för resan och de tidigare expeditionerna av två fartyg.
Kontot slutfördes och publicerades i fyra volymer i maj 1839 som Narrative of the Surveying Voyages of His Majestys Ships Adventure and Beagle. Volym ett täcker den första resan under befälhavare Phillip Parker King, volym två är FitzRoys berättelse om den andra resan. Darwins tidskrift och anmärkningar, 1832–1835 utgör den tredje volymen, och den fjärde volymen är en lång bilaga. FitzRoys berättelse innehåller anmärkningar med hänvisning till syndafloden där han återkallade sitt tidigare intresse för Charles Lyells och geologiska skrifter och hans kommentarer till Darwin under expeditionen att sedimentära drag de såg ”aldrig skulle ha kunnat åstadkommas av en fyrtio dagars” översvämning ”och hävdade hans förnyade engagemang för en bokstavlig läsning av Bibeln. Han hade gift sig på fartygets återkomst och hans fru var mycket religiös.
Darwins bidrag visade sig anmärkningsvärt populärt och förläggaren, Henry Colburn från London, tog på sig att återutge Darwins text i augusti med en ny titelsida som Journal of Researches into Geologi och naturhistoria i de olika länderna som HMS besökt Beagle uppenbarligen utan att söka Darwins tillstånd eller betala honom en avgift.
Andra upplagan: ändra idéer om evolutionRedigera
Illustration från Journal of Researches in the Natural History and Geology
Den andra upplagan av 1845 införlivade omfattande omarbetningar mot bakgrund av tolkningen av fältet samlingar och utveckla idéer om evolution. Denna utgåva beställdes av utgivaren John Murray, som faktiskt betalade Darwin en avgift på £ 150 för upphovsrätten. Den fullständiga titeln ändrades till Journal of Researches in the Natural History and Geology i de länder som besöktes under resan med HMS Beagle runt om i världen.
I den första upplagan påpekar Darwin med avseende på likheten mellan Galápagos djurliv och den på den sydamerikanska kontinenten, ”Omständigheten skulle förklaras enligt åsikterna av vissa författare, genom att säga att den kreativa kraften hade handlat enligt t han har samma lag över ett stort område ”. (Detta skrevs i en hänvisning till Charles Lyells idéer om ”skapelsecentra”.) Darwin noterar graderingarna i storleken på näsfinkarnas art, misstänker att arter ”är begränsade till olika öar”, ”Men det finns inte utrymme i det här arbetet, för att gå in i detta nyfikna ämne. ”
Senare upplagor antyder hans nya idéer om evolution:
Med tanke på den lilla storleken på dessa öar, känner vi oss mer förvånade över antalet inhemska varelser och deras begränsade omfång … inom en tidsperiod geologiskt nyligen var det obrutna havet här utbrett. Därför, både i rum och tid, vi verkar ha förts något nära det stora faktum – det mysterium av mysterier – det första framträdandet av nya varelser på denna jord.
På tal om finkarna med sina graderingar i näbbstorlek skriver han ”man kan verkligen tycka att från en ursprunglig brist på fåglar i denna skärgård hade en art tagits och modifierats redo för olika ändamål. ”
1890 publicerade John Murray en illustrerad upplaga av boken, på förslag av konstnären Robert Taylor Pritchett, som redan var känd för att följa med resor i RYS Wanderer och Sunbeam och producera bilder som används i böcker om dessa kryssningar. I sitt förord till denna utgåva av Journal and Researches sa Murray att de flesta ”av de åsikter som ges i detta arbete är från skisser gjorda på plats av Mr. Pritchett, med Mr. Darwins bok vid hans sida” och illustrationerna hade ”valts och verifierats med största försiktighet och smärtor”.