Primär skleroserande kolangit är ett tillstånd som påverkar gallgångarna. Dessa kanaler transporterar galla (en vätska som hjälper till att smälta fetter) från levern, där gall produceras, till gallblåsan 
, där den förvaras och till tunntarmen , där det hjälper till med matsmältningen. Primär skleroserande kolangit uppstår på grund av inflammation i gallgångarna (kolangit) som leder till ärrbildning (skleros) och förminskning av kanalerna. Som ett resultat kan inte galla släppas ut i gallblåsan och tunntarmen, och den byggs upp i levern .
Primär skleroserande kolangit diagnostiseras vanligtvis runt åldern 40, och av okända skäl påverkar det män dubbelt så ofta som kvinnor. Många människor har inga tecken eller symtom på tillståndet när de diagnostiseras, men rutinmässiga blodprov avslöjar leverproblem. När det är uppenbart inkluderar de tidigaste tecknen och symtomen på primär skleroserande kolangit extrem trötthet (trötthet), obehag i buken och svår klåda (klåda). När tillståndet förvärras kan drabbade individer utveckla gulfärgning av huden och det vita ögat (gulsot) och en förstorad mjälte (splenomegali). Så småningom skadar galluppbyggnaden levercellerna och orsakar kronisk leversjukdom (cirros) och leversvikt. Utan gallan tillgänglig för att smälta dem, passerar fetter genom kroppen. Som ett resultat kan viktminskning och brist på vitaminer som absorberas med och lagras i fetter (fettlösliga vitaminer) uppstå. Ett fettlösligt vitamin som kallas vitamin D hjälper till att absorbera kalcium och hjälper benen att härda, och brist på detta vitamin kan orsaka tunnare ben (osteoporos ) hos personer med primär skleroserande kolangit.
Primär skleroserande kolangit är ofta förknippad med ett annat tillstånd som kallas inflammatorisk tarmsjukdom, som kännetecknas av tarminflammation som orsakar öppna sår (sår) i tarmarna och buksmärtor. Anledningen till denna länk är dock oklar. Cirka 70 procent av personer med primär skleroserande kolangit har inflammatorisk tarmsjukdom, oftast en form av tillstånd som kallas ulcerös kolit. Dessutom är det mer sannolikt att personer med primär skleroserande kolangit har en autoimmun sjukdom, såsom typ 1-diabetes, celiaki eller sköldkörtelsjukdom, än personer utan tillstånd. Autoimmuna störningar uppträder när immunsystemet inte fungerar och attackerar kroppens vävnader och organ. Människor med primär skleroserande kolangit har också en ökad risk att utveckla cancer, särskilt cancer i gallgångarna (kolangiokarcinom).