Utsprång från astrocyter sträcker sig också till väggarna i blodkärlen som ingår i blodet -hjärnbarriär och omger ofta dessa fartyg helt. Dessa utsprång, kallade astrocytiska ändfötter, verkar spela kritiska roller i bildandet av blod-hjärnbarriären. Till exempel tros de vara involverade i signalering som uppmanar endotelceller att bilda de snäva korsningar som krävs för att skapa blod-hjärnbarriären. De verkar också ha flera funktioner som involverar upprätthållandet av blod-hjärnbarriären och möjligen den övergående öppningen av barriären för att låta viktiga ämnen passera under speciella omständigheter.
Medan de flesta blodkärl i hjärnan är förankrade i blod-hjärnbarriären, finns det vissa regioner som saknar en blod-hjärnbarriär, vilket gör att ämnen kan passera från blodet till hjärnan och vice versa mer fritt. Till exempel är de kringgående kärlorganen en grupp strukturer som saknar en blod-hjärnbarriär som är centrerad kring hjärnkammarna. Man tror att blodkärlen i de kringgående organen är mer permeabla av en anledning; till exempel behöver den bakre hypofysen släppa hormoner direkt i blodomloppet och det subforniska organet är involverat i kardiovaskulär reglering, vilket kräver åtkomst till cirkulationssystemet för att övervaka nivåerna av hormoner i blodet.
Även om blod-hjärnbarriären är ett viktigt skyddslager mellan den perifera blodcirkulationen och hjärnan, kan det i vissa situationer vara problematiskt att tillgången till hjärnan är så begränsad. I sällsynta fall där det finns en infektion i hjärnan gör blod-hjärnbarriären till exempel leverans av antimikrobiella medel till hjärnan mycket svår; det hindrar också passagen av antikroppar från kroppen till hjärnan. Medan i dessa fall kan blod-hjärnbarriären vara ett hinder för behandlingen, men i allmänhet ger den en viktig buffert mellan det cirkulerande blodet i kroppen och hjärnan.