Vid utbrottet av andra världskriget skrev prins Louis till den franska premiärministern Édouard Daladier och erbjöd sig att tjäna i den franska armén. Hans erbjudande nekades, och därför antog han nom de guerre av Louis Blanchard och gick med i den franska utländska legionen och såg handling i Nordafrika innan han demobiliserades 1941 efter andra vapenstilleståndet i Compiègne. Han gick sedan med i franska motståndet och arresterades av tyskarna efter att ha försökt att korsa Pyrenéerna på väg till London för att gå med i den franska franska ledaren Charles de Gaulle. Efter arresteringen tillbringade han tid i olika fängelser, inklusive Fresnes. Efter att han släpptes gick han med i den franska motståndsgruppen Organization de Résistance dans l ”Armee under namnet Louis Monnier. En annan medlem av Charles Martel Brigade som han tillhörde var hans kusin Joachim, prins Murat, som dödades i juli 1944. Prins Louis själv släppte knappt döden en månad senare när han den 28 augusti skadades allvarligt som en del av en sju mans patrull som attackerades, han var den enda överlevande. Efter sin återhämtning gick han med i alpedivisionen och dekorerades senare för mod.
Efter kriget bodde han i Schweiz och, oregelbundet, i Paris fram till 1950, då förbudslagen mot cheferna för Frankrikes tidigare regerande dynastier upphävdes.
Prins Louis blev en framgångsrik affärsman med ett antal ekonomiska intressen i Afrika. 1951 skickade prinsen en minneskrans med Napoleons ”N” -signier till begravningen av William, den tyska kronprinsen, son till den avsatta Wilhelm II, den tyska kejsaren. Detta betraktades som en ironisk gest av royalister vid den tiden, med tanke på att det var det tyska huset Hohenzollern som hade besegrat och avlägsnat Louis Napoleons eget imperialistiska hus under det fransk-preussiska kriget 1870.
Efter prins Louis död i Prangins, Schweiz, utsåg han sitt barnbarn, prins Jean-Christophe Napoléon, till sin efterträdare, förbi sin äldre son, prins Charles Napoléon.