Biopsiprovtagning av magslemhinnan vid diagnostisk endoskopi ger information som inte kan erhållas på annat sätt. Den vanligaste indikationen för gastrisk biopsi är behovet av att veta om patienten är infekterad med Helicobacter pylori eller inte, och om magen är gastrit eller inte. Mikroskopisk undersökning av gastriska biopsiprover, förutom H. pylori-status, ger information om grad, omfattning och topografi av gastritrelaterade och atrofi-relaterade lesioner i magen. Denna information ger ytterligare möjligheter för att bedöma risken och sannolikheten för olika magsjukdomar. Dessa är: a) Övervägande eller begränsning av H. pylori-relaterad gastrit i antrummet korrelerar starkt med en ökad risk för magsårssjukdom, och i synnerhet duodenalsår (duodenalsårets fenotyp av gastrit). b) Förekomsten av atrofisk gastrit (förlust av normala körtlar) i magkroppens område indikerar en låg risk för sår och också en minskning av patientens förmåga att utsöndra syra. c) Förekomsten av avancerad atrofisk gastrit och tarmmetaplasi multifokalt i magen (avancerad multifokal atrofisk gastrit), och i synnerhet i den mindre krökningen och vinkelskåran, är egenskaper som tyder på en ökad risk för gastrisk neoplasier (gastrisk cancerfenotyp) ). d) Förekomsten av normal och frisk gastrisk slemhinna indikerar å andra sidan en extremt låg risk för både magsårsjukdom och magcancer. Förutom diagnos av H. pylori-relaterade gastritiska lesioner, kan rutinmässiga gastriska biopsier avslöja fynd som indikerar speciella former av gastrit, såsom eosinofil, lymfocytisk, reaktiv eller granulomatös gastrit (t.ex. Crohns gastrit) eller Helicobacter heilmannii gastrit Dessa typer av gastrit kan hittas i en liten andel av patienterna som genomgår diagnostisk gastroskopi för magbesvär.