Historiaens struktur och omfattning
Herodotus ämne i hans historia är krig mellan Grekland och Persien (499–479 f. Kr) och deras förberedelser. Eftersom den har överlevt är historien uppdelad i nio böcker (uppdelningen är inte författarens): Böcker I – V beskriver bakgrunden till grekisk-persiska krig; Böcker VI – IX innehåller krigens historia, som kulminerade i en berättelse om den persiska kungen Xerxes invasion av Grekland (bok VII) och de stora grekiska segrarna i Salamis, Plataea och Mycale 480–479 fvt. Det finns två delar i historien, den ena är den systematiska berättelsen om kriget 480–479 med dess inledningar från 499 och framåt (inklusive det joniska upproret och slaget vid maraton i bok VI), det andra är berättelsen om tillväxten och organisation av det persiska imperiet och en beskrivning av dess geografi, sociala struktur och historia.
Moderna forskare håller inte med om huruvida Herodot från första början hade detta arrangemang i åtanke eller hade börjat med en plan för endast en del, antingen en beskrivning av Persien eller en krigshistoria, och i så fall med vilken. En trolig uppfattning är att Herodot började med en plan för krigshistorien och att han senare bestämde sig för en beskrivning av det persiska imperiet. För en man som Herodot var tvungen att fråga sig vad den persiskledda invasionen innebar. Herodotus var djupt imponerad inte bara av det persiska imperiets stora storlek utan också av den varierade och mångsidiga karaktären hos dess armé, som ännu var förenad i ett enda befäl, i full kontrast till de grekiska styrkorna med deras politiska splittringar och kontroversiella befälhavare även om grekerna delade ett gemensamt språk, religion och tankesätt och samma känsla för vad de kämpade för. Denna skillnad måste förklaras för hans läsare, och för detta ändamål beskriver han imperiet.
En logisk länk mellan de två huvudavsnitten finns i berättelsen i bok VII om Xerxes västmarsch. enorma armén från Sardis till Hellespont på väg till korsningen av båtsbroen till Grekland. Först kommer en berättelse om Xerxes arrogans och petulance, följt av en annan av hans brutala och autokratiska grymhet, och sedan kommer en lång detaljerad beskrivning av de separata militära kontingenterna i armén som marscherar som på parad, följt av en detaljerad uppräkning av alla de nationella och raselement i den enorma invasionen.
Herodot beskriver historien och de delar av det persiska riket i böckerna I – IV. Hans metod i imperiets berättelse är att beskriva varje uppdelning av det inte i geografisk ordning utan snarare när var och en erövrades av Persien – av de på varandra följande persiska kungarna Cyrus, Cambyses och Darius. (Det enda undantaget från detta arrangemang är Lydia, som behandlas i början av historien inte för att det först erövrades utan för att det var det första främmande landet som attackerade och övervann de grekiska städerna i Mindre Asien.)
Det första avsnittet i bok I, historien och beskrivningen av Lydia och dess erövring av perserna, följs av berättelsen om Cyrus själv, hans nederlag mot Mederna och en beskrivning av Persien, hans attack mot Massagetae ( i nordost, mot Kaspiska havet) och hans död. Bok II innehåller arv efter Kambyses, Cyrus son, hans plan att attackera Egypten, och en oerhört lång redogörelse för det unika landet och dess historia. Bok III beskriver persernas erövring av Egypten, misslyckandet med deras invasioner i söder (Etiopien) och väster; Kambyses galenskap och död; striderna över arvet i Persien och slutade med valet av Darius som ny kung; organisationen av det stora nya imperiet av honom, med viss redogörelse för de mest avlägsna provinserna så långt öster som Bactria och nordvästra Indien; och de inre revolterna undertryckta av Darius. Bok IV börjar med beskrivningen och historien om de skytyska folken, från Donau till Don, som Darius föreslog att attackera genom att korsa Bosporen och deras land och Svarta havet.
Därefter följer berättelse om den persiska invasionen av Scythia, som medförde inlämnande av fler grekiska städer, såsom Byzantium; av persernas samtidiga attack från Egypten mot Libyen, som hade koloniserats av grekerna; och beskrivningen av det landet och dess kolonisering. Bok V beskriver ytterligare persiska framsteg till Grekland riktigt från Hellespont och underkastelse av Thrakien och Makedonien och många fler grekiska städer till persisk styrka, sedan början på de grekiska städernas Joniska uppror mot Persien 499, och så till de viktigaste ämnet för hela arbetet.