Bakgrund: Även om promotormutationer är kända för att orsaka funktionellt viktiga konsekvenser för genuttryck är promotoranalys inte en vanlig del av DNA-diagnostik.
Innehåll: Denna recension täcker olika viktiga aspekter av promotormutationsanalys och innehåller ett föreslaget modellförfarande för att studera promotormutationer. Karaktärisering av en promotorsekvensvariation inkluderar en omfattande studie av litteraturen och databaser över humana mutationer och transkriptionsfaktorer. Fylogenetisk fotavtryck används också för att utvärdera den förmodade betydelsen av promotorregionen av intresse. Detta i silico-analys följs generellt av in vitro-funktionella analyser, av vilka övergående och stabila transfektionsanalyser anses vara guldstandardmetoderna. Elektroforetisk mobilitetsförskjutning och supershift-analyser används för att identifiera trans-verkande proteiner som antas interagera med promotorregionen av intresse. Slutligen är kromatinimmunutfällningsanalyser väsentliga för att bekräfta in vivo-bindning av dessa proteiner till promotorn.
Sammanfattning: Även om analyser av promotormutationer är komplexa, ofta mödosamma och svåra att utföra, är den en viktig del av diagnosen av sjukdomsframkallande promotormutationer och förbättrar vår förståelse för transkriptionsregleringens roll i människan. sjukdom. Vi rekommenderar att rutinlaboratorier och forskargrupper specialiserade på genpromotorforskning samarbetar för att utöka allmän kunskap och diagnos av genpromotordefekter.