Amerikas främsta indiska kämpe
I slutet av inbördeskriget upplöstes de amerikanska volontärernas medborgarsoldater . Custer återgick till rang som kapten i den reguljära armén, även om han befordrades till överstelöjtnant och blev tillförordnad befälhavare för det nybildade sjunde amerikanska kavalleriregementet. År 1866 rapporterade Custer och hans sjunde kavalleri till västra Kansas för att delta i generalmajor Winfield S. Hancocks expedition till awe fientliga slättindianer med den amerikanska arméns militära styrka. Det gick inte att anpassa sig framgångsrikt till indisk krigföring och började agera oregelbundet. Han beordrade öknar som skjutits utan rättegång. Istället för att vänta på att förnödenheter skulle laddas i Fort Wallace, övergav han sitt regemente och åkte till Fort Riley för att besöka sin fru. En krigsdomstol vid Fort Leavenworth fann Custer skyldig till missförhållande 1867 och avstängde honom från rang och lön i ett år.
Custer och hans fru Elizabeth (Libbie) Bacon Custer, var djupt engagerade i varandra och skrev långa passionerade brev när de separerades. De var partner i Custers romantiska strävan efter ära och berömmelse och spelade rollerna som kavalier och hans dam. Custer sägs ha haft en teatralisk närvaro och känslighet. Han parfymerade sitt kaskaderande blonda hår och förstärkte sina ofta specialiserade uniformer (allt från en brocad sammetjacka under inbördeskriget till en gränsmästares spännbågar i väst) med en röd slips och en stor bredbreddad hatt (som också skyddade hans ljusa hud från solbränna).
Arméns oförmåga att underkasta slättindianerna fick Custers överordnade att ge en soldat med sina aggressiva instinkter en andra chans. De återvände honom till tjänst innan hans krigsdom drog ut, och i september 1868 återförenades han med det sjunde kavalleriet i sydvästra Kansas. I november överraskade och förstörde hans befäl södra Cheyennes chef Black Kettle by vid Washita River. (Black Kettle och hans folk hade redan varit målet för en kontroversiell överraskningsattack av armén 1864, känd som Sand Creek-massakern.) Denna något tvivelaktiga framgång – majoriteten av indianerna anses ha varit kvinnor, barn och äldre. människor snarare än krigare – var arméns första stora seger över södra slättstammarna efter inbördeskriget, och det etablerade Custer rykte som Amerikas främsta indiska kämpe, vilket han behöll väl efter att andra arméofficers bedrifter hade överträffat hans.
1874 ledde Custer en expedition för att undersöka rykten om guldfyndigheter i Black Hills i Dakota Territory (nu i västra South Dakota och nordöstra Wyoming). Regionen hade erkänts genom fördraget som den heliga jaktmarken för den kraftfulla Lakota Sioux. Custers överdrivna rapporter utlöste emellertid en guldrush, och den amerikanska regeringen förordade att Sioux och deras norra Cheyenne-allierade skulle flytta till reservationer senast den 31 januari 1876 eller betraktas som ”fientliga.”