Forskare använder tre olika typer av FISH-sonder, som alla har olika tillämpningar:
Locusspecifika sönder binder till en viss region i en kromosom. Denna typ av sond är användbar när forskare har isolerat en liten del av en gen och vill bestämma på vilken kromosom genen finns, eller hur många kopior av en gen som finns inom ett visst genom.
Alfoid eller centromeriska upprepningssonder genereras från repetitiva sekvenser som finns i mitten av varje kromosom. Forskare använder dessa sonder för att avgöra om en individ har rätt antal kromosomer. Dessa sonder kan också användas i kombination med ”locus-specifika sonder” för att avgöra om en individ saknar genetiskt material från en viss kromosom.
Hela kromosomsonder är faktiskt samlingar av mindre sonder, som var och en binder till en annan sekvens längs en given kromosoms längd. Genom att använda flera sonder märkta med en blandning av olika fluorescerande färgämnen kan forskare märka varje kromosom i sin egen unika färg. Den resulterande fullfärgskartan för kromosomen är känd som en spektral karyotyp. Hela kromosomsonder är särskilt användbara för att undersöka kromosomavvikelser, till exempel när en bit av en kromosom är fäst vid slutet av en annan kromosom.
För många applikationer har FISH till stor del ersatts av användningen av mikroarrays . FISH är dock fortfarande användbart för vissa tester. FISH kan också användas för att studera jämförelser mellan de kromosomala arrangemangen för gener över relaterade arter.