Scout och soldat
Under det amerikanska inbördeskriget (1861–65) fungerade Cody först som unionsspion i kampanjer mot Kiowa och Comanche och senare (1863) anlitades med sjunde Kansas Cavalry, som såg handling i Missouri och Tennessee. Efter kriget arbetade han för den amerikanska armén som civil speider och avsändare från Fort Ellsworth i Kansas (1866–67). 1867–68 jagade han buffel för att mata byggpersonal på Union Pacific Railroad. Under den här tiden sägs han ha slaktat cirka 4,280 buffelhuvud, och han blev snart känd som den mästare buffelmördaren på Great Plains.
Cody fick ett rykte inte bara för korrekt skytte utan också för total återkallelse av den stora terrängen han hade passerat, kunskap om indiska vägar, mod och uthållighet. Han var efterfrågad som en spejder och guide, mestadels för USA: s femte kavalleri, under mycket av regeringens försök att utplåna indiskt motstånd mot bosättning av landet väster om Mississippifloden (1868–76). År 1872 arrangerade general Philip Sheridan Cody och Lieut. Överste George Armstrong Custer för att vägleda storhertigen Alexis från Ryssland på en jakttur som hade inrättats av den amerikanska pres. Ulysses S. Grant. Samma år tilldelades Cody, som ofta tog farliga uppdrag som andra vägrade, tilldelades hedersmedaljen för sina heroiska handlingar den 26 april som spejder för en kontingent av det tredje kavalleriet som förföljde indianer som hade stulit arméhästar nära Fort McPherson i Nebraska. . (Hedern återkallades 1916 som en del av en allmän översyn för att identifiera individer som hade fått utmärkelsen men tekniskt sett inte hade varit medlemmar i militären som officerare eller anlitade män. Scouter klassificerades som civila. Men den amerikanska armén återställde medaljen. of Honor to Cody posthumt 1989.) Under hans armétjänst fortsatte Codys rykte att växa. Sammantaget antas han ha deltagit i 16 indiska slagsmål, inklusive hans mycket omtalade skalpering (17 juli 1876) av Cheyennes krigare Yellow Hair (felaktigt översatt som Yellow Hand) i Sioux county, Nebraska, som hyllades som en svar på massakern av Custers befäl vid slaget vid Little Bighorn tidigare på året.