No se sabe nada sobre la juventud de San Sebastián salvo el hecho de que pudo haber venido del sur de Francia y fue educado en Milán. Se unió El Ejército Romano en 283 d.C., aparentemente para estar al servicio de otros cristianos que estaban siendo perseguidos por los romanos. San Sebastián se distinguió y por su excelente servicio, fue ascendido a servir en la Guardia Pretoriana para proteger al Emperador Diocleciano.
Mientras servían como Guardia Pretoriano, Marcus y Marcellian, hermanos gemelos, fueron encarcelados por negarse a hacer sacrificios públicos a los dioses romanos. Los hermanos eran diáconos de la Iglesia cristiana. Durante su encarcelamiento, sus padres los visitaron para les imploró que renunciaran al cristianismo. Sin embargo, San Sebastián convenció a ambos padres de que se convirtieran al cristianismo. San Sebastián también convirtió a varias otras personas prominentes, incluido el prefecto local.
Esto llevó a su descubrimiento y se informó como cristiano al emperador Diocleciano en 286. El Emperador, que ya era infame por ordenar la muerte de cientos de cristianos, regañó a Sebastián y ordenó que lo mataran atándolo a una estaca en un campo de entrenamiento y utilizado como práctica de tiro.
Los arqueros acribillaron su cuerpo con flechas, su cuerpo fue descrito como «lleno de flechas como un erizo». Se creía que estaba muerto, los arqueros dejaron su cuerpo para ser recuperado y enterrado. Fue recuperado por Irene de Roma, cuyo esposo cristiano fue siervo de Diocleciano y también martirizado. Irene descubrió que Sebastián aún vivía y lo escondió y lo cuidó hasta que recuperó la salud.
Una vez bien, Sebastián fue en busca de Diocleciano para sorprenderlo. Logró atrapar a Diocleciano por una escalera y procedió a criticarlo en voz alta y públicamente por su persecución de los cristianos. Diocleciano, sorprendido de que Sebastián todavía estuviera vivo, se sorprendió de inmediato, pero recuperó la compostura. Esta vez, no permitiría que Sebastian escapara con vida. Ordenó que mataran a palos a su antiguo guardia y luego lo arrojaran a las alcantarillas.
Una mujer cristiana, llamada Lucina, recuperó su cuerpo y lo enterró en secreto en las catacumbas debajo de Roma.
Casi 80 años después de su muerte, alrededor de 367, sus restos fueron trasladados a una basílica en Roma, construida por el Papa Dámaso I. Su cuerpo, o al menos algunas reliquias de su cuerpo, según los informes, fueron retirados y compartidos con un comunidad de monjes en Francia. Su cráneo fue enviado a un monasterio alemán donde se colocó en una caja de plata especial en 934. La reliquia permanece en su caja hoy en un relicario especial en Ebersberg.
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St. Sebastián era comúnmente invocado como protector contra la plaga. Según los registros históricos, defendió la ciudad de Roma contra la plaga en 680. Su asociación con la plaga podría deberse a que sobrevivió a un disparo lleno de flechas y, en la creencia pagana, la pestilencia fue liberada por flechas disparadas por los dioses de arriba. Incluso los cristianos romanos apreciarían este simbolismo. Ese simbolismo se captura incluso en obras de arte tan tardías como el Renacimiento, donde los artistas pintaban víctimas de la peste con flechas negras en el cuerpo.
En las obras de arte, San Sebastián se representa con flechas disparadas en su cuerpo, a menudo atadas a un poste o un árbol. Su segunda ejecución prácticamente nunca se describe.
St. Sebastián es el santo patrón de los soldados, atletas y aquellos que desean una muerte santa.