La tierra que ocupa ahora Six Flags Hurricane Harbor Splashtown era, a principios de la década de 1980, el hogar de un parque temático conocido como Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land solo operó durante dos temporadas antes de que sus propietarios, Kings Entertainment Company, vendieran el parque a inversores privados. Se eliminaron todas las atracciones del parque de atracciones y los nuevos propietarios instalaron un parque acuático con varios toboganes de agua. Gran parte de los edificios victorianos del parque, las luces de las calles y el paisaje se mantuvieron. Splashtown USA abrió al público poco después.
En la década de 1990, el parque cambió de propietario dos veces: primero a la familia Morris en 1994, y luego a Six Flags en mayo de 1999. Six Flags hizo la adquisición para eliminar el parque de ser un competidor de su parque acuático Six Flags WaterWorld, también ubicado en Houston. El parque pasó a llamarse Six Flags SplashTown en 2000.
Tras el cierre de Six Flags WaterWorld y Six Flags AstroWorld adyacente en octubre de 2005, Six Flags emprendió una reestructuración de Six Flags SplashTown, que resultó en la terminación del Gerente General, Gerente de Operaciones y Gerente de Servicio de Alimentos del parque. a principios de noviembre de 2005. En enero de 2006, se anunció que el ex Gerente de Operaciones de WaterWorld sería el nuevo Gerente de Operaciones de Splashtown. Varias de las atracciones de WaterWorld se trasladaron a SplashTown. El parque se sometió a un «lavado de cara», así como a una limpieza general para prepararlo para su día de apertura, el 28 de abril de 2006. La entrada recibió un nuevo letrero, con la adición de edificios renovados y taquillas.
En enero de 2007, Six Flags anunció que SplashTown, junto con otros seis parques, se venderían por un total de $ 312 millones. El acuerdo vio a Six Flags vender las propiedades a PARC Management, quien en turn vendió las propiedades a CNL Lifestyle Properties. CNL luego volvería a arrendar las propiedades a PARC Management en virtud de un contrato de arrendamiento triple neto de 52 años. Sin embargo, después de menos de tres años en los contratos de 52 años, CNL rescindió sus acuerdos con PARC Management en noviembre de 2010. A principios de 2011, CNL nombró a Premier Attraction Management, LLC (ahora Premier Parks, LLC) como los nuevos operadores del parque. En ese momento, la compañía de responsabilidad limitada estaba dirigida por los ex empleados de Six Flags Kieran Burke, el ex presidente y director ejecutivo, y Gary Story, ex presidente y director de operaciones.
En noviembre de 2013, CNL Lifestyle Properties adquirió los derechos de la marca Wet «n» Wild en los Estados Unidos de la firma australiana Village Roadshow Theme Parques. En los meses siguientes, CNL cambió el nombre de varias de sus propiedades a parques acuáticos Wet «n» Wild, incluido SplashTown Houston, que se convirtió en Wet «n» Wild SplashTown. El parque en sí recibió una renovación multimillonaria.
A fines de 2016, CNL Lifestyle Properties anunció que estaba vendiendo la propiedad de quince propiedades de atracción, incluido Wet «n» Wild Splashtown, junto con cinco pequeños centros de entretenimiento familiar a EPR Properties por aproximadamente $ 456 millones. La transacción se completó en abril de 2017. Premier Parks LLC permaneció como operador.
El 22 de mayo de 2018, Six Flags adquirió los derechos de arrendamiento de Premier Parks LLC para administrar varios parques propiedad de EPR Properties. Splashtown fue renovado en la temporada baja y en 2019 cambió su nombre a Six Flags Hurricane Harbor Splashtown.
Debido a las crecientes preocupaciones por la pandemia COVID-19, Six Flags anunció una suspensión de operaciones en toda la compañía en marzo 13 de mayo de 2020. Six Flags Hurricane Harbor Splashtown estaba programado para abrir para la temporada 2020 el 22 de mayo, pero publicó una nueva fecha de apertura el 29 de junio. El 26 de junio, tres días antes de la nueva fecha de apertura, el parque acuático anunció que su la reapertura se retrasó indefinidamente para seguir las pautas del gobierno local del condado. A principios de agosto, los funcionarios del parque anunciaron que la temporada de operaciones de 2020 había sido cancelada y que Six Flags Hurricane Harbor Splashtown espera abrir de nuevo en 2021. Esta sería la primera temporada en que el parque acuático dejaría de operar desde su inicio en 1984.