Southeastern University a fost înființată în 1935 în New Brockton, Alabama, de către superintendentul districtului Adunărilor Domnului, Alabama, J.C. A fost redenumit South-Eastern Bible Institute (SEBI) în 1936. Situat inițial într-o fostă clădire de liceu din New Brockton, Alabama, și-a deschis porțile către studenți pe 4 noiembrie 1935, sub conducerea a patru membri ai facultății. Doi ani mai târziu, în mai 1937, au avut loc primele exerciții de absolvire. Șaptesprezece studenți au primit diplome pentru programul academic de doi ani.
SEBI a continuat cursurile în New Brockton până în 1940, când s-a luat decizia de a consolida școala cu Beulah Heights Bible Institute din Atlanta, Georgia. Școala a fost cunoscută din 1940 până în 1942 sub numele de Beulah Heights – South-Eastern Bible Institute. În toamna anului 1942, superintendenții districtului din districtele sud-estice au acceptat invitația Rev. Ralph Byrd și a congregației sale de a muta școala într-o altă locație din Atlanta, unde a fost din nou redenumită SEBI. În 1946, consiliul de administrație al școlii a votat pentru asigurarea unei locații permanente pentru dezvoltarea completă a școlii. O nouă locație a campusului a fost cumpărată mai târziu în acel an în Lakeland, Florida. Campusul din Atlanta a fost vândut și dezvoltarea noului site a început. Creșterea corpului studențesc a continuat la noul campus central din Florida, împreună cu programul academic.
Capela Bush
SEBI a devenit South-Eastern Bible College în 1956, când școala a început să ofere programe de licență de patru ani. După adăugarea diplomelor de educație, consiliul de administrație al colegiului a schimbat numele școlii în Southeastern College of the Assemblies of God în 1977. În 1986, Southeastern a primit o acreditare regională de către Asociația Southern of Colleges and Schools Commission on Colleges. Acreditarea a fost reafirmată în 1991, 2001 și 2011. În 2005, Southeastern College a devenit oficial Universitatea Southeastern și a început să ofere primele programe de masterat și a format colegii de arte și științe, afaceri, ministere creștine și religie și educație. De atunci, universitatea a format și colegiile de științe comportamentale și sociale și științele naturii și sănătății. În 2014, a început primul său program de doctorat, EdD.
În 2011, Southeastern a întreprins mai multe inițiative care au dus la o creștere rapidă. De la 2.500 de studenți în 2012, școala s-a extins la 4.538 în toamna anului 2015, o rată de creștere de 78% din 2011. În 2012, Southeastern a aprobat adăugarea unui program de asistență medicală și adăugarea unei echipe de fotbal universitar. Extinderea fotbalului a inclus construcția unui stadion cu 3.500 de spectatori și a unui centru de antrenament atletic. Echipa de fotbal Southeastern Fire a jucat primul lor meci de acasă în toamna anului 2014. De asemenea, în 2014, școala a deschis noi facilități de baseball și fotbal. În 2015, a început construcția mai multor clădiri academice noi, un nou complex atletic, care include o sală de gimnastică și o pistă cu 8 benzi. În toamna anului 2015, Southeastern a deschis o nouă clădire de științe naturale și de sănătate de 27.000 de metri pătrați. Noua facilitate include un auditoriu, laboratoare de chimie, laboratoare de calculatoare, săli de examen, camere de îngrijire a pacienților și un laborator de simulare a asistenței medicale. În vara anului 2015, a avut loc demolarea Spence Hall, Lindsey Science Building și Music Hall pentru a face loc Facilității Live / Learn, cunoscută sub numele de Buena Vida. Facilitatea de 125.000 de metri pătrați a fost finalizată în toamna anului 2016 și include săli de clasă, birouri ale facultății, locuințe pentru studenți și o curte de alimentație. Primul segment al Buena Vida, Sala Corală și Repetiție, a fost deschisă în septembrie. Costul total al programului de extindere va fi cuprins între 25 și 50 de milioane de dolari.
Southeastern oferă 55 de diplome de licență, 16 diplome de master și două diplome de doctorat. De când președintele Kent J. Ingle a venit în Southeastern în 2011, universitatea a lansat 80 de site-uri de extindere în întreaga țară, o creștere față de cele 50 de site-uri de extindere din anul precedent. Site-urile sunt în 29 de state, inclusiv Florida, care are 19. diplomele oferite pe site-uri includ o varietate de asociați, licență și masterat în minister și conducere.