La izbucnirea celui de-al doilea război mondial, prințul Louis i-a scris primului ministru francez, Édouard Daladier, oferindu-i să slujească în armata franceză. Oferta sa a fost refuzată, așa că și-a asumat numele de luptă al lui Louis Blanchard și s-a alăturat Legiunii străine franceze, văzând acțiuni în Africa de Nord înainte de a fi demobilizat în 1941, în urma celui de-al doilea armistițiu de la Compiègne. Apoi s-a alăturat rezistenței franceze și a fost arestat de germani după ce a încercat să traverseze Pirineii în drum spre Londra pentru a se alătura liderului francez liber Charles de Gaulle. După arestarea sa, a petrecut timp în diferite închisori, inclusiv în Fresnes. După eliberare, s-a alăturat grupului de rezistență franceză Organisation de Résistance dans l „Armee sub numele de Louis Monnier. Un alt membru al Brigăzii Charles Martel de care aparținea era vărul său Joachim, prințul Murat, care a fost ucis în iulie 1944. Prințul Louis însuși a scăpat de moarte o lună mai târziu, când, la 28 august, a fost grav rănit ca parte a unei patrule de șapte bărbați care a fost atacată; el a fost singurul supraviețuitor. După recuperare, sa alăturat Diviziei Alpine și a fost decorat ulterior. pentru vitejie.
După război, el a locuit în Elveția și, în mod neregulat, la Paris până în 1950, când a fost abrogată legea exilării împotriva șefilor dinastiei de conducere ale Franței.
Prințul Louis a devenit un om de afaceri de succes, cu o serie de interese financiare în Africa. În 1951, prințul a trimis o coroană memorială purtând însemnele „N” napoleoniene la înmormântarea lui William, prinț moștenitor german, fiul depusului Wilhelm al II-lea, împăratul german. Acesta a fost văzut ca un gest ironic de către regaliștii de la acea vreme, dat fiind faptul că casa germană Hohenzollern a învins și detronat propria casă imperială a lui Louis Napoleon în timpul războiului franco-prusac din 1870.
upă moartea prințului Louis în Prangins, Elveția, el l-a desemnat pe nepotul său, prințul Jean-Christophe Napoléon, ca succesor al său, ocolindu-l pe fiul său mai mare, prințul Charles Napoléon.