Prelevarea de biopsii a mucoasei gastrice la endoscopia de diagnostic oferă informații care nu pot fi obținute prin alte mijloace. Cea mai frecventă indicație pentru biopsia gastrică este necesitatea de a ști dacă pacientul este sau nu infectat cu Helicobacter pylori și dacă stomacul este gastritic sau nu. Examinarea microscopică a specimenelor de biopsie gastrică, în plus față de statutul de H. pylori, oferă informații despre gradul, amploarea și topografia leziunilor gastrice și ale atrofiei în stomac. Aceste informații oferă oportunități suplimentare pentru evaluarea riscului și probabilității diferitelor tulburări gastrice. Acestea sunt: a) Predominanța sau restricția gastritei asociate cu H. pylori în antr se corelează puternic cu un risc crescut de boală a ulcerului peptic și, în special, a ulcerului duodenal (fenotipul ulcerului duodenal al gastritei). b) Prezența gastritei atrofice (pierderea glandelor normale) în zona corpului gastric indică un risc scăzut de ulcer și, de asemenea, o reducere a capacității pacientului de a secreta acid. c) Apariția gastritei atrofice avansate și a metaplaziei intestinale multifocale în stomac (gastrita atrofică multifocală avansată) și în special în curbura mai mică și crestătura unghiulară sunt caracteristici care sugerează un risc crescut de neoplazii gastrice (fenotipul cancerului gastric al gastritei ). d) Prezența mucoasei gastrice normale și sănătoase indică, pe de altă parte, un risc extrem de redus atât de boală ulcerului peptic, cât și de cancer gastric. În plus față de diagnosticul leziunilor gastritice legate de H. pylori, biopsiile gastrice de rutină pot dezvălui rezultate care indică forme speciale de gastrită, cum ar fi gastrita eozinofilă, limfocitară, reactivă sau granulomatoasă (de exemplu, gastrita Crohn) sau gastrita Helicobacter heilmannii Aceste tipuri de gastrită pot fi găsite întâmplător la un procent mic de pacienți care sunt supuși gastroscopiei diagnostice pentru afecțiuni abdominale.