Structura și sfera istoriei
Subiectul lui Herodot din Istoria sa este războaiele dintre Grecia și Persia (499–479 î.e.n.) preliminarii. Pe măsură ce a supraviețuit, Istoria este împărțită în nouă cărți (diviziunea nu este a autorului): Cărțile I – V descriu fundalul războaielor greco-persane; Cărțile VI-IX conțin istoria războaielor, culminând cu o relatare a invaziei regelui persan Xerxes în Grecia (Cartea VII) și a marilor victorii grecești la Salamis, Plataea și Micale în 480–479 î.e.n. Există două părți în Istorie, una fiind narațiunea sistematică a războiului din 480–479 cu preliminariile sale din 499 încoace (inclusiv revolta ioniană și Bătălia de la Maraton din Cartea a VI-a), cealaltă fiind povestea creșterii și organizarea Imperiului Persan și o descriere a geografiei, structurii sale sociale și a istoriei sale.
Savanții moderni nu sunt de acord cu privire la faptul dacă Herodot din prima a avut acest aranjament în minte sau a început cu o schemă pentru o singură parte, fie o descriere a Persiei, fie o istorie a războiului, și dacă da, cu care. O părere probabilă este că Herodot a început cu un plan pentru istoria războiului și că ulterior a decis o descriere a Imperiului Persan în sine. Căci un om ca Herodot era obligat să se întrebe ce înseamnă forța de invazie condusă de persani. Herodot a fost profund impresionat nu numai de dimensiunea mare a Imperiului persan, ci și de natura variată și poliglotă a armatei sale, care era totuși unită într-o singură comandă, în contrast total cu forțele grecești cu diviziunile lor politice și comandanții disputatori, deși grecii împărtășeau o limbă, o religie și un mod de gândire comune și același sentiment despre ceea ce luptau. Această diferență trebuia explicată cititorilor săi și, în acest scop, el descrie imperiul.
O legătură logică între cele două secțiuni principale se găsește în relatarea din Cartea VII a marșului spre vest al lui Xerxes. „imensă armată de la Sardes la Hellespont pe drumul spre trecerea de podul de bărci în Grecia propriu-zisă. Mai întâi vine o poveste despre aroganța și petulanța lui Xerxes, urmată de o altă cruzime a sa sălbatică și autocratică, și apoi vine o lungă descriere detaliată a contingentelor militare separate ale armatei care mărșăluiesc ca în paradă, urmată de o enumerare detaliată a tuturor elemente naționale și rasiale în imensa forță de invazie.
Herodot descrie istoria și părțile constitutive ale Imperiului persan în cărțile I-IV. Metoda sa în relatarea imperiului este de a descrie fiecare împărțire a acestuia nu într-o ordine geografică, ci mai degrabă pe măsură ce fiecare a fost cucerită de Persia – de către succesivii regi persani Cyrus, Cambyses și Darius. (Singura excepție de la acest aranjament este Lydia, care este tratată chiar la începutul istoriei nu pentru că a fost cucerită pentru prima dată, ci pentru că a fost prima țară străină care a atacat și a învins orașele grecești din Asia Mică.)
Prima secțiune din Cartea I, istoria și descrierea Lidiei și cucerirea ei de către perși, este urmată de povestea lui Cyrus însuși, înfrângerea sa a medilor și o descriere a Persiei propriu-zise, atacul său asupra Massagetae ( în nord-est, spre caspică) și moartea sa. Cartea a II-a conține succesiunea lui Cambise, fiul lui Cyrus, planul său de a ataca Egiptul și o relatare extrem de lungă a acelui ținut unic și a istoriei sale. Cartea a III-a descrie cucerirea persanilor din Egipt, eșecul invaziilor lor în sud (Etiopia) și vest; nebunia și moartea lui Cambyses; luptele pentru succesiunea din Persia, care se încheie cu alegerea lui Darius ca nou rege; organizarea de către el a vastului nou imperiu, cu o evidență a celor mai îndepărtate provincii de la est până la Bactria și nord-vestul Indiei; iar revoltele interne suprimate de Darius. Cartea a IV-a începe cu descrierea și istoria popoarelor scitice, de la Dunăre până la Don, pe care Darius le-a propus să atace prin traversarea Bosforului, a pământului lor și a Mării Negre.
Apoi urmează povestea invaziei persane în Scythia, care a purtat cu sine supunerea mai multor orașe grecești, cum ar fi Bizanțul; despre atacul simultan al persanilor din Egipt asupra Libiei, care fusese colonizat de greci; și descrierea țării respective și a colonizării acesteia. Cartea V descrie alte progrese persane în Grecia propriu-zise de la Helespont și supunerea Traciei și a Macedoniei și a multor alte orașe grecești către puterea persană, apoi începutul revoltei orașelor grecești Ionia împotriva Persiei în 499, și așa la subiect al întregii lucrări.