Cel mai mare luptător indian din America
Odată cu sfârșitul războiului civil, cetățenii soldați ai voluntarilor americani s-au desființat . Custer a revenit la gradul de căpitan în armata regulată, deși a fost avansat la locotenent-colonel și a devenit comandant în funcție al nou-înființatului Regiment al 7-lea de cavalerie al SUA. În 1866, Custer și cea de-a 7-a sa cavalerie au raportat în vestul Kansasului să ia parte la expediția generalului general Winfield S. Hancock pentru a admira indieni ostili din câmpiile cu forța militară a armatei SUA. Incapabil să se adapteze cu succes la războiul indian, Custer a început să acționeze neregulat. A ordonat împușcarea desertorilor fără proces. În loc să aștepte ca încărcăturile să fie încărcate la Fort Wallace, și-a abandonat regimentul și a mers la Fort Riley pentru a-și vizita soția. O curte marțială din Fort Leavenworth l-a găsit pe Custer vinovat de abateri în 1867 și l-a suspendat de la rang și plată pentru un an.
Custer și soția sa, Elizabeth (Libbie) Bacon Custer, au fost profund dedicați unul altuia și au scris lungi scrisori pasionate atunci când au fost separate. Au fost parteneri în căutarea romantică a gloriei și faimei lui Custer, jucând rolurile cavalerului și ale doamnei sale. Se spunea că Custer avea o prezență și o sensibilitate teatrală. Și-a parfumat părul blond în cascadă și și-a mărit uniformele adesea specializate (de la o jachetă din catifea brocartă în timpul Războiului Civil până la o piele de frâu de frontieră din vest) cu o cravată roșie și o pălărie mare cu bor lat (care îi proteja, de asemenea, pielea blondă de arsuri solare).
Incapacitatea armatei de a supune indienii din câmpie i-a determinat pe superiorii lui Custer să ofere unui soldat cu instinctele sale agresive o a doua șansă. L-au readus la serviciu înainte de expirarea sentinței sale de curte marțială, iar în septembrie 1868 s-a alăturat celei de-a 7-a cavalerii din sud-vestul Kansasului. În noiembrie, comanda sa a surprins și a distrus satul șefului Cheyenneului de Sud, Black Kettle, de pe râul Washita. (Black Kettle și oamenii săi fuseseră deja ținta unui controversat atac surpriză al armatei în 1864 cunoscut sub numele de Sand Creek Massacre.) Acest succes oarecum dubios – se crede că majoritatea indienilor au fost femei, copii și bătrâni. mai degrabă oameni decât războinici – a fost prima victorie majoră a armatei asupra triburilor din Câmpiile de Sud după Războiul Civil și a stabilit reputația lui Custer ca cel mai mare luptător indian din America, pe care l-a păstrat bine după ce exploatările altor ofițeri ai armatei l-au depășit pe al său.
În 1874, Custer a condus o expediție pentru a investiga zvonuri despre zăcăminte de aur din Dealurile Negre din teritoriul Dakota (acum în vestul Dakotei de Sud și nord-estul Wyoming). Regiunea fusese recunoscută prin tratat ca terenul de vânătoare sacru al puternicului Lakota Sioux. Rapoartele exagerate ale lui Custer au declanșat totuși o cursă a aurului, iar guvernul SUA a ordonat ca Sioux și aliații lor din nordul Cheyenne să treacă la rezervații până la 31 ianuarie 1876 sau să fie considerați „ostili”.