Oamenii de știință utilizează trei tipuri diferite de sonde FISH, fiecare dintre ele având o aplicație diferită:
Sondele specifice locus se leagă de o anumită regiune a unui cromozom. Acest tip de sondă este util atunci când oamenii de știință au izolat o porțiune mică a unei gene și doresc să stabilească pe ce cromozom se află gena sau câte copii ale unei gene există într-un anumit genom.
Alfoid sau sondele repetitive centromerice sunt generate din secvențe repetitive găsite în mijlocul fiecărui cromozom. Cercetătorii folosesc aceste sonde pentru a determina dacă un individ are numărul corect de cromozomi. Aceste sonde pot fi, de asemenea, utilizate în combinație cu „sonde specifice locusului” pentru a determina dacă unui individ îi lipsește material genetic dintr-un anumit cromozom.
Sondele de cromozomi întregi sunt de fapt colecții de sonde mai mici, fiecare dintre acestea se leagă de o secvență diferită de-a lungul lungimii unui cromozom dat. Folosind mai multe sonde etichetate cu un amestec de coloranți fluorescenți diferiți, oamenii de știință sunt capabili să eticheteze fiecare cromozom în propria culoare unică. Harta colorată rezultată a cromozomului este cunoscută sub numele de cariotip spectral. Sondele întregi de cromozomi sunt deosebit de utile pentru examinarea anomaliilor cromozomiale, de exemplu, atunci când o bucată dintr-un cromozom este atașată la capătul altui cromozom.
Pentru multe aplicații, FISH a fost în mare parte înlocuit cu utilizarea de microarrays. . Cu toate acestea, FISH rămâne util pentru unele teste. FISH poate fi, de asemenea, utilizat pentru a studia comparațiile între aranjamentele cromozomiale ale genelor între speciile înrudite.