Clubul își găsește rădăcinile într-o călătorie din 1889–1890 a lui William K. Vanderbilt, Edward Meade și Duncan Cryder, la Biarritz, în sudul Franței, unde s-au întâlnit cu campionul golfist Willie Dunn , din Scoția, care construia un teren de golf la stațiune.
Înapoi în Statele Unite, Meade și Cryder au căutat un loc pentru un teren de golf lângă New York. Meade, cunoscut pentru antichitățile sale de vânzare a produselor, a fost convins că nordul statului New York va fi locația ideală, dar Cryder a preferat o parcela de pământ în Yonkers. În cele din urmă, au ales șantierele de nisip adiacente drumului feroviar Long Island chiar la est de canalul Shinnecock. Parcela originală de 80 de acri (32 ha) a fost achiziționată de la dezvoltatori pentru 2.500 de dolari și 44 de membri originali s-au înscris pentru 100 de dolari fiecare.
Willie Davis, profesionistul clubului de la Royal Montreal Club, a proiectat un 12 găuri curs deschis la sfârșitul verii 1891. Membrii Națiunii Indiene Shinnecock au contribuit la construirea cursului, care se află pe marea întindere de teren pe care Națiunea o pretinde că i-a fost luată ilegal de coloniștii anteriori din zonă în 1859. Clubul își onorează astăzi legătura la moștenirea națiunii cu emblema sa care înfățișează un șef nativ american. Stanford White a proiectat clubul din 1892, despre care se spune că este cel mai vechi club de golf din Statele Unite. Un curs cu nouă găuri pentru femei a fost proiectat și construit la Shinnecock Hills în 1893, primul teren de golf pentru femei din istoria americană.
1901
În 1894, Dunn a sosit și a adăugat încă șase găuri, aducând totalul la 18. În același an, Dunn a câștigat turneul care a fost un eveniment inaugural a încercat să stabilească un campionat național la Newport, Rhode Island, dar această victorie nu a fost recunoscută ca oficială. Mai târziu, în 1894, Shinnecock Hills a fost unul dintre cele cinci cluburi fondatoare ale Asociației de Golf din Statele Unite, înființată în New York. Noua USGA a organizat primul US Open în 1895 la Newport, Rhode Island.
În 1896, Shinnecock-ul de atunci – 5.000 yd (4.570 m) a găzduit al doilea US Open. Mulți jucători au rupt 80 în evenimentul cu 36 de găuri, ceea ce a condus la cereri de creștere a dificultății cursului. Participarea la Openul din 1896 a fost jucătorul profesionist negru John Shippen, considerat de mulți istorici că a fost primul profesionist de golf născut în SUA.
În 1901, cursul pentru femei a fost încorporat într-un curs prelungit și reproiectat de Charles B. Macdonald și Seth Raynor, păstrând cinci dintre găurile originale ale lui Dunn.
William Flynn a fost reproiectat pe larg cursul în 1931 într-o configurație de 6.740 de curți (6.163 m). Designul lui Flynn păstrează cinci dintre găuri de Macdonald și Raynor și verdele unei găuri a șasea proiectat de aceștia doi. Înainte de US Open din 2004, cursul a fost extins la o lungime de 6.996 de metri (6.397 m) prin adăugarea de tee suplimentare.
Shinnecock Hills a fost clasat pe locul al doilea în clasamentul celor mai bune 100 de cursuri Golf Digest pentru 2007, 2008 și al treilea în 2009.
Rutarea sa a fost păstrată și au fost adăugate câteva noi tee, în pregătirea US Open din 2018; cursul a fost extins la 7.440 de metri, păstrându-și parul de 70. Shinnecock Hills este programat să găzduiască US Open 2026.
De asemenea, clubul menține un teren secundar cu nouă găuri pentru a fi utilizat de membrii săi.